虽然税法上制定了代扣代缴、代收代缴的扣缴义务人，可是代为扣缴税款毕竟是帮着国家在忙活，如果没一点回报的话，仅凭法律、行政规定恐怕难以让大家满意，扣缴的积极性也难以维护，于是财行[2005]365号 《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》就明确规定：法律、行政法规规定的代扣代缴、代收代缴税款，税务机关按代扣、代收税款的2％支付。 但是扣缴义务人取得这笔税款应该如何入账、是否缴纳流转税及所得税，一直存在争议，这么多年，国家层面上一直也没有明文规定是否该征税，从各地区税务局的实践来看，也存在着很多差异，本人不揣浅陋，发表拙见如下：
一、扣缴义务人取得的扣缴手续费应该缴纳增值税
扣缴义务人实行扣缴手续，并非绝对意义上的义务，同时也取得了一定的回报，在这里可以把税务机关当做委托人，扣缴义务人也就成了受托人，二者就成了一种代理关系，执行代理业务也就顺理成章的成为一种服务，可以按照经纪代理服务确定纳税义务。举两个例子：
1、甲企业为一般纳税人，本月收到代扣个税手续费10600，分录如下：
借：银行存款 10600
贷：其他业务收入 10000
应交税费-应交增值税（销项税额）600
2、乙企业为小规模纳税人，本月收到代扣个税手续费5150元，分录如下：
借：银行存款 5150
贷：其他业务收入 5000
应交税费-应交增值税 150
结转成本略
二、企业取得的扣缴手续费应该缴纳企业所得税
《财政部国家税务总局中国人民银行参考关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行[2005]365号）。第三项第六条规定“三代”单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于“三代”管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。
上述文件明确规定了手续费列为收入，用于支出，这就有了收入和成本核算的基础，而且看文件规定，还有这专款专用的意思，但是实务中收入容易核算，支出哪有那么清晰啊，代扣税款办理的费用和企业正常跑税务办事的费用很难清楚划分，就算是用该笔收入奖励相关工作人员恐怕和正常的工资、福利、奖金也没有那么泾渭分明吧，非要搞得那么清楚难免加重企业核算的负担，事实上也没什么单位奖励给相关参与扣缴人员，这容易导致内部的不和谐，引起团结问题。
但是，手续费支出核算的不清晰不代表企业总体成本费用核算不准确，还是应该缴纳企业所得税。但是实际上，作为企业所得税的纳税主体，可不仅仅包括一般意义上的公司，其他的事业单位、经济组织、社会团体可都是名义上的企业所得税纳税人，请问这些事业单位、经济组织、社会团体可曾就扣缴手续费收入缴纳过企业所得税？
实务上，税务局对手续费收入是否缴纳企业所得税这一块基本上放任不管，毕竟没有文件的明确规定，可一般公司的账务处理上如果进入了损益类科目，不就顺理成章的成为应税所得了吗？毕竟没有文件规定该收入为不征税和免税收入
三、个人取得的代扣代缴手续费免征个税，但是企业取得的扣缴手续费奖励给个人那不能免征个税
有很多人都说，根据财税【1994】20号文规定，企业将扣缴手续费奖励给个人可以免征个税，可我查了这个财税【1994】20号文，原文可不是这么说的。
二、下列所得，暂免征收个人所得税
（一）外籍个人以非现金形式或实报实销形式取得的住房补贴、伙食补贴、搬迁费、洗衣费。
（二）外籍个人按合理标准取得的境内、外出差补贴。
（三）外籍个人取得的探亲费、语言训练费、子女教育费等，经当地税务机关审核批准为合理的部分。
（四）个人举报、协查各种违法、犯罪行为而获得的奖金。
（五）个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费。
（六）个人转让自用达五年以上、并且是唯一的家庭生活用房取得的所得。
当然了，如果有的个人作为扣缴义务人取得扣缴手续费，那是免个税的，毕竟他本人扣缴税款也是有一定支出的，而个人目前很难全员进行个税汇算清缴
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