误用税收政策，重复享受税收优惠
已经享受了税收优惠政策的企业，应考虑其享受的税收优惠程度如何。
企业在适用多项税收优惠政策时，必须进行比较分析，通过综合平衡后做出选择。充分享受税收优惠政策，重点在于根据自身的情况和现行税收优惠政策的规定，以获取税后利益最大化或特定税收目标效率最大化为标准作出选择。一些税收优惠政策是针对特定的税种而设计的，而企业一般需要同时缴纳多种税，这些税之间又往往存在此消彼长的关系。因此，评价某项税收优惠政策带来的税收利益，主要是通过实施该项政策后所产生的税后总收益或优惠期内产生的税后总收益的现值等指标来反映。
在选择自身适用的最优惠的税收政策时，需要注意有些税收优惠政策不能重复享受。同一税种的两个或两个以上的税收优惠政策，如果同时适用于纳税人的同一应税项目时，除法律、法规另有规定外，纳税人只能选择适用其中一项税收优惠，不能两项或两项以上税收优惠累加执行。如企业就业人员既适用新政策规定的税收优惠政策，又适用其他扶持就业的税收优惠政策，企业可选择适用最优惠的政策，但不能重复享受。
未按规定备案税收优惠失效
国家税务总局《关于印发税收减免管理办法(试行)的通知》(国税发[2005]129号)规定，纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。由于取消了前置审批程序，一些企业认为享受税收优惠的门槛降低了，不履行备案手续即自行享受税收优惠，这存在很大的纳税风险。
国家制定的各项税收优惠政策，凡未明确为审批事项的，均实行备案管理。纳税人享受税收优惠前，应按规定进行资格备案或审批。除不需审批、备案的外，未按规定备案或审批的不得享受税收优惠。
实际操作执行不当，税收优惠政策难以兑现
一是误解、曲解税收优惠政策。企业要严格执行政策，运用多种方式、准确把握企业基本情况和减免税项目并核实其是否真正符合享受优惠政策的条件。如详细测算企业的经营额、查实它是否真正达到起征点。
二是执行税收优惠政策走样、打折扣。对此，企业应提高对落实税收优惠政策重要性的认识，增强贯彻落实的自觉性与主动性。
三是滥用税收优惠政策。纳税人需要知晓自身所适用的税收优惠政策，有效规范和提高税收优惠政策的适用程度和减免税核算水平，防止和减少滥用税收优惠等不正当竞争行为的发生。
优惠项目未单独核算，取消税收优惠待遇
一些企业经营范围广泛，普遍存在兼营业务、混业经营，既有税收优惠项目，也有非优惠项目。按照规定，优惠项目都需要单独核算销售额或所得额，并根据这一销售额或所得额计算减免的增值税或所得税，而不能将优惠项目和非优惠项目一并计算税款。否则，企业将存在较大的税务风险。
优惠项目条件不符，不具备税收优惠资格
一些企业优惠项目条件不符合，却在税务处理时享受了税收优惠，这也会给企业带来纳税风险。
例如，青岛国税局2012年实地核查某环保科技公司时发现，该公司2010年8月按照相关规定备案享受以垃圾为燃料生产的电力和热力增值税优惠，但备案资料中没有规定要求的资源综合利用认定证书。另外，该公司2012年2月备案享受垃圾处理劳务征前减免增值税政策，但并未取得由环保机关出具的相关证明材料。根据核查情况，青岛国税局取消了该公司的增值税减免资格，并要求其依法补缴税款及滞纳金。
实际经营条件发生变化，税收优惠资格终止
纳税人享受优惠的条件发生变化、不再具备税收优惠资格的，应终止税收优惠资格。倘若对相关业务继续进行税收优惠处理，将会给企业带来税收风险。
如果纳税人实际经营情况不符合减免税规定条件的或采用欺骗手段获取减免税的、享受减免税条件发生变化未及时向税务机关报告的，以及未按规定程序报批而自行减免税的
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