一、增值税
1、企业能够有销售，产生的销项税来弥补损失是最好的结果
在企业规模比较大，有几个关联公司的情况下，还是比较容易实现，可以通过转买转卖、提供服务等内部交易，帮助企业实现销售利润。但是这么做一定要保证交易价格公允，同时不要被税局认为仅是为了避税。
例如企业最后还有几个人，但是长久没业务了，那么企业肯定不是白养着这些人的，实际这些人还会为企业的关联公司做一些工作，那么企业就可以向关联公司收取劳务费，增加企业的销项，留抵的进项就可以利用。
2、 企业通过符合税法规定的重组，将未抵扣完进项转移至新公司抵扣
根据国家税务总局公告2012年第55号的规定，增值税一般纳税人在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
适用这个政策时一定要注意是全盘接收被注销企业资产、负债和人员，部分是不可以的。经常会有人把这个文件和国家税务总局公告2011年第13号里的优惠前提混淆，因为那个文件里是说明部分资产转让，如果符合条件是可以享受增值税免税规定的。
二、企业所得税
有些企业会想，如果企业的增值税进项没法抵了，那是不是进项就可以确认为损失，抵企业所得税了呢？我们继续分析。
1、企业资产的盘亏、损毁、被盗等非正常损失，进项可以作为损失扣除
许多生产和商贸企业注销的原因是管理不善，所以资产盘亏、损毁被盗这些都很常见，财税2016年36号文附件1 的第二十七条及增值税暂行条例第十条明确规定，非正常损失的增值税进项要转出，所以企业注销前盘点一下损失，损失的资产相应的进项税是可以与资产损失一起在所得税前扣除的。
在财税〔2009〕57号中对存货损失还专门做了强调，这个政策比较老，那时候固定资产增值税还刚开始试点，所以不要看到这个政策就迷惑了，固定资产的进项转出是不是不能所得税前扣除了？进项转出实际是增加了资产相应成本，所以资产损失了，其相应成本也就可以扣除。
2、除可以做进项转出外，公司注销时留抵的增值税进项税额是否可以税前扣除，各地税局存在分歧
1）一种观点认为，注销时留抵的增值税进项税额无法抵扣了，实质上属于企业的损失，所以可以企业所得税前扣除。
依据是财税〔2005〕165号第六条规定，一般纳税人注销时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因为留抵不能退税，那就是企业损失。
2）另一种观点认为注销时增值税留抵税额的性质上仍属于允许抵扣的增值税范围，所以不可以税前扣除。
企业所得税法第八条及实施条例三十一条的规定，准予计算应纳税所得额时扣除的税金，是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。财税〔2005〕165号已经明确了注销时不做进项转出，那就是说明留抵税额是可以抵税的，企业注销相当于自己放弃了留抵进项可以抵扣的权利，并不代表这个损失在企业所得税计算时可以扣除。
三、小结
从以上分析可以看出，如果企业有大额留抵进项，注销前最好提前一到两年就要开始筹划处理，避免增值税损失。如果增值税损失无法避免，那么能让留抵进项在所得税前扣除还可以减少些所得税支出，建议多渠道和当地税局沟通，确认其执行口径，争取对自己最有利的结果。
本文相关政策
《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第55号）
《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税2016年36号）附件1第二十七条
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条
《财政部 国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕57号）
《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）第六条
《中华人民共和国企业所得税法》第八条
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十一条
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