《办法》明确规定了对情节较轻的部分违法行为实行有条件的“首违不罚”。适用范围包括：违反税务登记管理类的税收违法行为；违反账簿凭证管理类的税收违法行为；违反纳税申报管理类的税收违法行为，并规定了适用条件。
《办法》增加了说明理由的规定，即：税务机关在处罚告知、处罚决定中应当对处罚裁量说明理由。对税务行政违法行为调查或检查结束后，调查或检查人员应当根据违法行为的事实、性质、情节和危害程度，在调查报告或检查报告中对是否给予行政处罚、给予何种处罚以及处罚数额提出建议，并说明处罚裁量的理由及相应的事实证据。
对违反发票管理有关规定造成偷税或骗税的违法行为如何处罚，各地原来掌握的政策不一，自由裁量过大。对此，这次修订中，根据“上位法优于下位法”原则，明确了如下规定：对违反发票管理有关规定造成偷税或骗取出口退税的违法行为，按照《税收征管法》的有关规定给予罚款。如果纳税人违反发票管理有关规定已涉嫌构成犯罪的，不但要对其偷税或骗税进行罚款处罚，还应当对其违反发票管理有关规定涉嫌犯罪的行为，依法移送公安机关。
同时，国地税还建立了对偷税案件国税与地税机关之间信息共享机制。明确各级国税（地税）机关稽查局在查处涉嫌偷税违法案件时，应向同级地税（国税）机关的稽查局发送公函，请其提供被查纳税人5年内因偷税受到的行政处罚、检查所属期内管辖税种的纳税情况。收到公函的税务机关稽查局，应当在收到公函之日起5个工作日内，向发出方税务机关稽查局以公函回复上述信息。
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