一、功能定位不同，核算重点不同
1、 基层医疗卫生机构主要提供基本公共卫生服务和基本医疗服务，负责辖区内常见病、多发病的普通门诊防治、诊疗，集预防、保健、医疗、康复、健康教育功能为一体，多为公共产品或准公共产品，其诊疗科目、床位数量、科室设置、人员配备、基础设施建设和设备配备要与其功能定位相适应。
2、 而公立医院主要承担危重急症和疑难复杂病症诊疗和医学科学、教学、技术创新、人才培养等任务，在医学科学、技术创新和人才培养等方面发挥引领作用。
3、 比较而言医院财务核算和管理的范围更广，难度更大，日常会计核算涉及使用的会计科目更多。
二、核算主体不同
1、 基层医疗卫生机构执行会计制度的核算主体为政府设立的城市社区卫生服务中心(站)、乡镇卫生院、村卫生室、诊所(医务室)。截至2020年底，基层医疗卫生机构97.1万个，其中：其中乡镇卫生院3.6万个，社区卫生服务中心（站）3.5万个，门诊部（所）29.0万个，村卫生室61.0万个；---数据来源国家统计局。
2、 医院执行会计制度的核算主体为中国境内的各级各类独立核算的公立医院，包括综合医院、中医院、中西医结合医院、民族医院、专科医院、门诊部（所）、疗养院等。截至2020年底，医院3.5万个，其中：公立医院1.2万个，民营医院2.4万个。---数据来源国家统计局。
三、一级会计核算科目对比
会计科目对比，新政府会计制度下基层医疗卫生机构和医院财务会计科目基本一致，唯一的差异是基层医疗机构负债类一级会计科目增加了“2308 待结算医疗款”，其用于核算实行“收支两条线”管理的基层医疗卫生机构的待结算医疗收费。本科目下设门急诊收费和住院收费两个一级明细科目及进一步细化的三级进行相关明细核算。此科目在医院政府会计制度科目中没有设置。
四、财务管理办法上不同
基层医疗机构更多强调的是收支活动的预算管理和绩效考核，而医院则是预算管控、成本管理和绩效管理相结合的管理办法，由此可见医院财务管理上规范化、科学化、精细化要求更高，管理口径也更大，管理方法更多元化。
五、预算管理上差异
1、 政府对基层医疗卫生机构实行“核定任务、核定收支、绩效考核补助、超支不补、结余按规定使用”的预算管理办法。
2、 国家对医院实行“核定收支、定项补助、超支不补、结余按规定”的预算管理办法。
六、会计核算方面
1、 基层医疗机构应根据会计业务需要，设置财务会计机构，或在有关机构中设置会计人员并指定会计主管人员；不具备设置条件的，委托经批准设立从事会计代理记账业务的中介机构代理记账。有条件的地区，可对基层医疗卫生机构实行财务集中核算。
2、 对于医院而言就应设立专门的财务会计机构，按国家有关规定配备专职财务人员进行会计核算。
七、财政补偿渠道和补偿范围
1、 基层医疗卫生机构由于其服务定位以基本医疗服务和公共卫生服务为主，资金来源以财政补助为主，医疗服务收费为辅的原则安排。
2、 医院资金来源目前是以医疗服务收费为主，财务补助为辅的办法，减轻财政支付压力。
八、医疗成本归集
1、 对于基层医疗卫生机构成本管理控制方面目前没有明确具体的要求。
2、 新制度针对医院设计了成本报表参考格式，要求医院按月度和年度编制成本报表。具体编报“医院各科室直接成本表”、“医院临床服务类科室全成本表”和“医院临床服务类科室全成本构成分析表”，成本报表主要以科室、诊次和床日为成本核算对象，其所反映的成本均不包括财政项目拨款经费、科教经费形成的各项费用。同时对医院常用的成本核算术语进行了解释，统一了核算口径。此举显示了新制度对加强成本的归集和核算工作的重视，有利于医院控制成本，降低经营风险，积极面对竞争，同时由于有了比较准确的成本报表数据，也有利于医院开展薪酬制度改革，实行绩效工资，进一步推进DRG病种成本奠定坚实的基础。新制度没有设置成本类会计科目，这种情况下医院自制药品的成本归集就存在一定的难度，特别是在自制多种药品和卫生材料的情况下，间接费用的分配不好处理。建议增设成本类会计科目，在对医院自制物资进行成本归集后，再将完工产品转入到库存物资中。
九、财务报告体系
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