一、股权转让与房产交易涉及的税费对比分析
注：除以上主要税费外，应纳的城建税等略过未分析，下同；若股权转让股东是自然人，应按“财产转让所得”项目依20%的税率计算缴纳个人所得税，不缴纳企业所得税
从上述对比分析可以看出，在不考虑土地增值税的情况下，以股权方式转让房地产比直接转让房地产可以少缴纳增值税和契税。
二、直接转让房产的方式下，增值税的缴纳分析
（一）增值税下一般企业转让房地产政策分析
国家税务总局公告2016年第14号国家税务总局关于发布《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》的公告，其中，第二条规定本公告适用于纳税人转让其以直接购买、接受捐赠、接受投资入股、自建以及抵债等各种形式取得的不动产。但房地产开发企业销售自行开发的房地产项目除外，其另行适用《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》(国家税务总局公告2016年第18号)的规定。在此公告中，分为转让自建不动产或取得（不含自建）的不动产下两种情况：
1. 一般纳纳税人转让自建不动产如何确定销售额
一般纳税人转让其2016年4月30日前自建的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用为销售额，适用5%的征收率。选择适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额，适用11%的税率计算销项税额。
一般纳税人转让其2016年5月1日后自建的不动产，适用一般计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额，适用11%的税率计算销项税额。
可以看出，一般纳税人无论何种情况下转让自建不动产均以取得的全部价款和价外费用为销售额，均不得扣除土地价款。
2.一般纳税人转让取得（不含自建）的不动产如何缴税
一般纳税人转让其2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。选择适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额，，适用11%的税率计算销项税额。
转让其2016年5月1日后取得（不含自建）的不动产，适用一般计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额，适用11%的税率计算销项税额。
（二）增值税下房地产企业转让房地产政策分析
财税[2016]36号文件附件明确：“房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额。”
同时,根据国家税务总局公告2016年第18号规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。
三、股权转让方式转让房地产是否涉及土地增值税分析
土地增值税是对转让房地产行为征收的一种财产税，根据《土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）的规定第二条转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。
一般情况下，股权转让不涉及土地增值税。但是，近年来，多地出现以股权转让的名义转让房产的税收筹划方式，由此目前针对以股权转让方式转让房产是否缴纳土地增值税税出现了分歧，其分歧主要在于股权转让是否改变了其权利主体。
观点一：股权转让行为不能成为土地增值税的课税对象，因此不能征收土地增值税
公司法第三条规定，公司是法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。A有限公司名下的土地使用权及其附着物属于公司财产，股东发生变化，但公司本身作为独立核算的经济实体仍然存在，独立法人资格并未取消。公司的法人财产权也未发生变化，公司以其财产对外承担的责任也未发生变化。因此，股权转让并不直接导致公司房地产等法人财产权的转让。
同时，土地增值税暂行条例第二条明确规定，转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人。而转让股权，公司名下的不动产物权等法人财产权并未转让，也未到相关部门办理物权变动的登记，没有转让不动产物权的事实行为。再从土地增值税的征税对象上看，只有房地产转让行为才能成为土地增值税的征税对象，税法上没有规定转让股权行为应当缴纳土地增值税，股权转让行为并不能成为土地增值税的征税对象。
观点二：股权交易的实质是变更了土地等不动产权利主体，应征土地增值税。
根据国税函[2000]687号国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100 ％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。
国税函[2011]415号国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复经研究，同意你局关于“北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。
根据以上两个回复文件可以看出，国家税务总局只是批复应该应依照《土地增值税暂行条例》的规定征收土地增值税，但并未具体明确由谁缴纳土地增值税，此前，本人通过成都市新都区政策科询问过意见，对方回复，以股权转让的形式转让房产，需缴纳土地增值税，且由股权转让方缴纳。
以上的批复只是各地针对特定的人或事为规范对象，没有普遍适用性。且股权转让涉及房产是否缴纳土地增值税并未正式立文，各地针对此类事项操作也存在差异，由此建议，各企业在有同类业务发生时，应及时与税局沟通，否则秋后算账岂不是有点得不偿失。
摄影：青木先森
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