首先，我们了解一下什么是农产品。

农产品，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。具体征税范围暂继续按照《财政部、国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字〔1995〕52号）及现行相关规定执行，并包括挂面、干姜、姜黄、玉米胚芽、动物骨粒、按照《食品安全国家标准—巴氏杀菌乳》（GB19645—2010）生产的巴氏杀菌乳、按照《食品安全国家标准—灭菌乳》（GB25190—2010）生产的灭菌乳。

企业购入农产品的途径主要有以下四种：

1、从农业生产者手中购入农产品

2、从批发零售农产品（蔬菜、鲜活肉蛋）的纳税人手中购入农产品

3、从国有粮食购销企业购进免税粮食和食用植物油

4、进口农产品

下面我们来一一分析这四种情况下企业购入农产品如何抵扣进项税。

一、从农产品生产者手中购入农产品

农业生产者包括从事农业生产的单位和农业生产者个人，从事农业生产的单位包括一般纳税人和小规模纳税人两种。从不同类型的农业生产者手中购入农产品其进项税抵扣方法不尽相同。

1.从从事农业生产的单位购入农产品，无论该单位是一般纳税人还是小规模纳税人，由于《中华人民共和国增值税暂行条例》中规定农业生产者销售自产农产品免征增值税。因此销售方应当开具的是免税的普通发票，购买方企业根据从销售方取得的普通发票上注明的买价，以9%的扣除率计算进项税额。

2.从农业生产者个人手中购入农产品，一般有两种途径取得发票，一种是农业生产者个人通过税务局申请代开普通发票，一种是购买方开具农产品收购发票。无论是哪种情况，企业可以以取得或者开具的农产品销售或者收购发票上注明的买价，以9%的扣除率计算进项税额。

二、从批发零售农产品（蔬菜、鲜活肉蛋）的纳税人手中购入农产品

根据《财政部、国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号）、《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税〔2012〕75号）两个文件的规定，从事农产品批发、零售的纳税人销售的蔬菜、部分鲜活肉蛋产品，享受免征增值税政策。

但同时《简并增值税税率有关政策的通知》（财税【2017】37号文）第四条规定：纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。

也就是说，纳税人批发、零售免税农产品，在批发、零售环节已经享受了免征增值税的优惠政策，那么下游取得了免税的普通发票，就不能再计算扣除进项税额了。

除非，销售方纳税人放弃免税，开具增值税专用发票，购进农产品才可抵扣进项税额。

简言之，零售环节，总得有人来交增值税。

假如销售方真的放弃享受免征增值税的优惠政策，那么购买方如何抵扣进项税额呢？

1.如果销售方为一般纳税人，则销售农产品开具9%税率的增值税专用发票，那么购买方以取得的专用发票抵扣9%的进项税额。

2.如果销售方为小规模纳税人，则需要到税务部门申请代开增值税专用发票，申请代开的专用发票税率为3%。依照《简并增值税税率有关政策的通知》（财税【2017】37号文）第一条中的规定，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%（按照最新政策该税率已调整为9%）的扣除率计算进项税额。

从37号文件的规定来看，如果销售方为小规模纳税人，双方关系好的话，销售方放弃免税，还是很划算的。

需要注意的是，从小规模纳税人处取得的增值税普通发票，不能作为计算抵扣进项税额的凭证。

三、从国有粮食购销企业购进免税粮食和食用植物油

《国家税务总局关于加强免征增值税货物专用发票管理的通知》（国税函〔2005〕第780号）中规定：增值税一般纳税人销售免税货物，一律不得开具专用发票（国有粮食购销企业销售免税粮食除外）。也就是说虽然国有粮食购销企业享受了免征增值税的优惠政策，但是依然可以开具增值税专用发票，那么企业从国有粮食购销企业购进粮食取得的增值税专用发票是否都可以抵扣进项税额呢？

《财政部、国家税务总局关于粮食企业增值税征免问题的通知》（财税字(1999)198号）第六条规定：属于增值税一般纳税人的生产、经营单位从国有粮食购销企业购进的免税粮食，可依据购销企业开具的销售发票注明的销售额按13％的扣除率计算抵扣进项税额；购进的免税食用植物油，不得计算抵扣进项税额。

在本条中需要特别注意的有两点：

1.经过国家2017年~2019年的三次税率调整，本条中13%的扣除率现已调整为9%。

2.从国有粮食购销企业购进的免税食用植物油就算取得了增值税专用发票，也不得计算抵扣进项税额。

四、进口农产品

企业进口农产品，取得海关进口增值税专用缴款书的，以海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额进行抵扣。否则不予抵扣进项税额。

以上为企业通过四种不同途径购入农产品时进项税额的抵扣方法，但除此之外，关于购入农产品进项税额如何抵扣的问题还有一个特殊规定：

《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）中规定：自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额均按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（附件1）的规定抵扣。

38号文的特殊规定只针对以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，除此之外的纳税人购进农产品仍按现行增值税的有关规定抵扣农产品进项税额。

具体的核定方法，请大家参考38号文的附件1《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》。

另外特别需要注意的是：

营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的农产品按照农产品发票上注明的价款以9%的税率计算扣除进项税额。

纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。

总结：

从农业生产者手中购买的农产品以取得的农产品销售发票或者销售发票上注明的价款，按照9%的税率计算抵扣。

从批发、零售农产品的纳税人手中购买的免税农产品，如果销售方已享受免税政策，开具的是普通发票，购买方不能再计算抵扣进项税；如果销售方放弃免税优惠，开具了专用发票，购买方可以按照专用发票上注明的价款乘以9%的税率计算抵扣（一般纳税人和小规模纳税人均按9%的税率计算抵扣）。

从国有粮食购销企业购买的免税粮食可以取得增值税专用发票，并按照专用发票上注明的价款乘以9%的税率计算抵扣；但是从国有粮食购销企业购买的免税食用植物油就算取得了增值税专用发票，也不得计算抵扣进项税额。

企业进口农产品，以海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额进行抵扣。

以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的，具体参照财税〔2012〕38号文件的规定处理。

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