一、A公司自甲贸易有限公司（一般纳税人）处购入农产品，取得增值税专用发票，金额917431.19元，税额82568.81元，价税合计金额为1000000元，发票信息如下：
第二种情况：A公司购进农产品专门用于生产或者委托加工13%税率货物，允许抵扣的进项税额为增值税专用发票注明的税额82568.81元，同时在领用相关农产品时可以加计扣除1%，全部领用后可以加计扣除917431.19*1%＝9174.31元，总计可以抵扣进项税额为91743.12元。
第三种情况：A公司购进农产品既用于生产或者委托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务。如果分别核算用于生产销售或委托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，允许按第二种情况抵扣进项税额，即总计可以抵扣进项税额为91743.12元；如果未分别核算，只能按第一种情况抵扣进项税额，即增值税专用发票注明的税额82568.81元。
二、B公司自乙农业专业合作社（农业生产者）处购入自产农产品，取得免税的增值税普通发票，免税销售额金额为1000000元，发票信息如下：
第一种情况：B公司为一般企业，允许抵扣的进项税额为免税增值税普通发票注明的金额1000000*9%＝90000元。
第二种情况：B公司购进农产品专门用于生产或者委托加工13%税率货物，允许抵扣的进项税额为免税增值税普通发票注明的金额1000000*9%＝90000元，同时在领用相关农产品时可以加计扣除1%，全部领用后可以加计扣除1000000*1%＝10000元，总计可以抵扣进项税额为100000元。
第三种情况：B公司购进农产品既用于生产或者委托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务。如果分别核算用于生产销售或委托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，允许按第二种情况抵扣进项税额，即总计可以抵扣进项税额为100000元；如果未分别核算，只能按第一种情况抵扣进项税额，即增值税专用发票注明的税额90000元。
注意：
批发零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票不得作为农产品进项税额扣除凭证。
三、C公司从自然人赵六（农业生产者）处购入其自产农产品，C公司自行开具带有“收购”字样的免税增值税普通发票，免税销售额金额为1000000元，发票信息如下：
第一种情况：C公司为一般企业，允许抵扣的进项税额为注明“收购”字样免税增值税普通发票注明的金额1000000*9%＝90000元。
第二种情况：C公司购进农产品专门用于生产或者委托加工13%税率货物，允许抵扣的进项税额为注明“收购”字样免税增值税普通发票注明的金额1000000*9%＝90000元，同时在领用相关农产品时可以加计扣除1%，全部领用后可以加计扣除1000000*1%＝10000元，总计可以抵扣进项税额为100000元。
第三种情况：C公司购进农产品既用于生产或者委托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务。如果分别核算用于生产销售或委托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，允许按第二种情况抵扣进项税额，即总计可以抵扣进项税额为100000元；如果未分别核算，只能按第一种情况抵扣进项税额，即增值税专用发票注明的税额90000元。
四、D公司自丙粮油经销处（小规模纳税人）处购入农产品，取得其从税务机关代开的增值税专用发票，金额970873.79元，税额29126.21元，价税合计金额为1000000元，发票信息如下：
第一种情况：D公司为一般企业，允许抵扣的进项税额为票面金额970873.79*9%＝87378.64元。
第二种情况：D公司购进农产品专门用于生产或者委托加工13%税率货物，允许抵扣的进项税额为票面金额970873.79*9%＝87378.64元，同时在领用相关农产品时可以加计扣除1%，全部领用后可以加计扣除970873.79*1%＝9708.74元，总计可以抵扣进项税额为97087.38元。
第三种情况：D公司购进农产品既用于生产或者委托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务。如果分别核算用于生产销售或委托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，允许按第二种情况抵扣进项税额，即总计可以抵扣进项税额为97087.38元；如果未分别核算，能够抵扣的进项税额为增值税专用发票注明的税额29126.21元（此情形就不要加计扣除了）。
第四种情况：D公司可以放弃计算抵扣进项税额，凭票面注明税额抵扣进项税额29126.21元。
注意：
1.小规模纳税人开具的适用征收率的增值税普通发票不得作为农产品进项税额扣除凭证。
2.取得小规模纳税人自开专票也适用以上政策，同时部分地区明确疫情期间开具1%专票也可以适用以上政策。
3.取得小规模纳税人代开或自开专票后如选择计算扣除，需要将勾选（认证）的对应进项税额作进项税额转出处理。
以上四家公司从不同供货方购入农产品取得不同扣除凭证，均支付价款（含税或免税）1000000元，可以抵扣的进项税额却大不相同，对比如下图：
（可点击图片后放大查看）
因此，在实际工作中一定要分清不同情况，准确抵扣进项税额，避免不必要的税收风险。
注：文中发票票样为旧版本，请以票面信息为准！
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