总分公司是企业常用的一种组织形式，虽然分公司不是独立法人，但分公司在总公司授权后是可以自行对外签订合同承接业务、购买商品和服务，也可以自行对外开具发票。
总分公司模式下，因为分公司不是独立法人，分公司注销了，如果还有未清理完毕事项，作为分公司的上级总公司，必须承担相应责任，承接它分公司的债权债务，合同也要看看是否可改签或协商解除。但是即使承接了，还是面临另外一个问题，如果之前存在账款拖欠或分期收款，导致在合同约定的服务、劳务已经履行完毕，产品已经交付的情况下，发票尚未开具，因为总分公司之前增值税是独立核算，现在该怎么开票呢?
二、如果合同劳务、服务等已经履行完成，但分公司注销时，相关发票尚未开具
1、如果分公司是供应商
这种情况下，如果分公司是供应商，相关发票在注销时应开未开。从增值税的角度，总分公司如果增值税独立申报核算，是相对独立的增值税纳税人，分公司的业务不能由总公司来收款开票，否则就成了发票虚开。但是分公司注处理销前应履行未履行的纳税义务，总公司作为其上级公司仍应承担并可能被处罚。
如果企业没法取得发票，从企业所得税法的角度，可以适用国家税务总局公告2018年第28号第十四条的规定，收集充分资料证明，支出还是可以在企业所得税前扣除的。
但是如果企业是一般纳税人，就没法取得进项抵扣了，企业这时可以向对方总公司要求赔偿相应进项无法抵扣带来的损失，而不是要求对方总公司开票。当然如果是企业延期付款，导致作为供应商的分公司按合同约定未相应开出发票，那就要好好研究合同，看是不是企业应该自己承担进项的损失了。
2、注销如果分公司流程是客户
2、1一般情况处理
独立核算分公司这种情况下，如果是合同已经履行完毕，即使对方分公司存在拖欠款项等情况，除非合同执行期间有补充协议修改了收款时间，企业在合同约定的收款日期也就产生了纳税义务，应按规定申报缴纳增值税。现在增值税发票已经没有认证时间的规定，如果企业已经就相应的收入缴纳增值税，那么无论对方是否付款，建议可开票，但暂不提供发票给对方。
如果对方分公司延期支付货款，导致企业按合同约定同时延期开具发票，并未在增值税纳税义务发生时开票。分公司注销后，其母公司愿意支付货款，那么这时候发票是否可以开具给母公司呢？不能，因为咱们讨论的前提是合同约定的服务、劳务已经履行完毕，产品已经交付的情况下如何开票，企业之前只是对分公司有这些业务行为，对母公司可没有，所以如果开票给母公司，还是会造成增值税发票虚开。
有人说了，我能给注销的分公司开具发票不？不能，现在的金税系统是可以验证的。所以在这种情况下，因为对方在分公司注销时未及时通知供应商，导致的损失应该由其自行承担。而且这时候还有个情况一定要注意，如果总公司是一般纳税人，分公司是小规模纳税人，企业如果为了款项尽快收回，给对方总公司开了专用发票，虚开增值税专的用发票可比虚开普票处罚要严重。
2、2分期收款情况的处理
在分期收款的情况下，例如合同约定是尾款在发货后的三月支付，结果分公司在三个月内注销了，虽然对方分公司注销前未通知流程企业，但是也没到付款期，而且企业签合同时也没有就此种情况约定应对条款，分公司注销后，其总公司愿意付账务款，只是要求企业开出发票，这种情况应该怎么开票呢？
在分期收款情形下，企业在合同约定的收款日期确定增值税应税收入，开具发票是正常操作，但是收款的前对方分公司却注销了。虽然分公司没付款就注销还是不对，但可能确实是有其他困难造成无法及时通知企业，特别是企业和对方总公司关系还不错，总公司愿意付款，只是想所得税计算时取得扣除凭证，并未考虑多计增值税进项，企业也不想让对方承受损失，是否分公司有可行的解决方案？
对这种情况如何处理各地税局口径并不一致。我个人意见这种情况企业开票其实还是虚开，因为企业和对方总公司并无业务往来，企业虽仍按合同约定的收款时间收取“已经注销的分公司的总公司”替分公司支付的款项，但同时应申报无票收入，缴纳增值税才对。
三、总结及建议
从以上分析可知，如果分公司注销时对外合同约定的服务、劳务已经履行完毕，产品已经交付，但尚未账务开票的情况下，它就不能接受和开出注销时点后的发票。如果企业开票给其总公司或其总公司开票给企业，都涉嫌虚开。相应的损失可按合同约定要求赔偿或自行承担。为了规避此风险，建议如下：
1、在签署合同时一定要尽可能多地考虑到未来可能出现的情况，以便依据合同规定获得更多的保障和权利。
2、企业应缴增值税的时独立核算点，即使未取得发票，也可暂时开出发票，但不提供给对方（在电子发票普及的情形下，需注意电子信息的保密）。
3、实际商务活动中面临的情况很复杂，所以公司注销前一定要做好各方面的工作，提早筹划，避免出现诸多问题，当然除了自身好好筹划，寻求外部支持，和主管税局沟通也是必要的。
本文相关政企业策
《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收处理管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）
《国家税务总局关于发布〈企业所得税税前扣除凭证管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第28企业号）第十四条
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十九条
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十八条
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的注销通知》（财税2016年36号）附件1 第四十五条
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