土地增值税清算的方式有两种：一是查账征收，二是核定征收。
对于商业开发产品占比较多、拿地较早及拿地较大，开发周期过长的房地产项目，若能争取到核定征收，则可事项项目整体税负大幅度的降低。
下面小编将满足核定征收的法定情形（相关政策）汇总如下：
01《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）相关规定
第三十五条 纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：
（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置帐簿的；
（二）依照法律、行政法规的规定应当设置帐簿但未设置的；
（三）擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐的;
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的;
（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。同时规定，“税务机关核定应纳税额的具体程序和方法由国务院税务主管部门规定”。
02《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）相关规定
对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征管法》第35条之规定，实行核定征收。
03《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）相关规定
核定征收必须严格依照税收法律法规规定的条件进行，任何单位和个人不得擅自扩大核定征收范围，严禁在清算中出现“以核定为主、一核了之”、“求快图省”的做法。凡擅自将核定征收作为本地区土地增值税清算主要方式的，必须立即纠正。对确需核定征收的，要严格按照税收法律法规的要求，从严、从高确定核定征收率。为了规范核定工作，核定征收率原则上不得低于5%，各省级税务机关要结合本地实际，区分不同房地产类型制定核定征收率。
04重庆市地方规定
（一）重庆市地方税务局关于发布《重庆市地方税务局房地产开发企业土地增值税核定征收管理办法（试行）》的公告（重庆市地方税务局公告2012年第7号）
第五条 凡纳税人不能提供完整、准确的收入和扣除项目凭证，不能准确计算房地产项目增值额，有下列情形之一的，可实行核定征收土地增值税。
(一) 依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
(二) 自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
(三) 虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或者扣除项目金额的；
(四) 申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的；
(五) 符合土地增值税清算(以下简称清算)条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的。
第六条 核定征收土地增值税应当首先采用定率征收方式，确实无法实施定率征收的，主管税务机关方可采用定额征收方式。
(一) 定率征收核定依据应当顺次选择以下方法：
1.按照核实房地产转让收入的方法核定；
2.按照核实建造成本、费用加合理利润的方法核定；
3.按照合理方法计算和推定纳税人房地产转让收入或者房地产建造成本核定。
(二) 定额征收核定依据应当顺次选择以下方法：
1.参照纳税人相近清算房地产项目的税负水平核定；
2.参照当地房地产开发行业中经营规模和收入水平相近的纳税人税负水平核定；
3.按照其它合理的方法核定。
采用前款中所列一种方法不足以准确核定应纳税额时，可同时采用两种以上的方法核定。
（二）《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》（重庆市地方税务局公告2014年第9号）
纳税人转让旧房未能提供上述“评估价格”、“取得成本”，或者提供不实，不能计算房产扣除额的，应按规定核定征收土地增值税。
（三）《重庆市地方税务局关于土地增值税核定征收率的公告》（重庆市地方税务局公告2014年第3号）
一、纳税人转让房产土地增值税实行核定征收的，分类型适用核定征收率：
（一）单位纳税人转让房产：普通住宅为5%；非普通住宅及车库为6%；非住宅（车库除外）为8%。
（二）个人纳税人转让非住宅类房产为6%。
核定征收固然可以有效降低土地增值税税负，但也可能对其他税种申报、后续的税收申报和财务处理等事项引起一系列的“蝴蝶效应”，导致其他税收负担增加。
土地增值税核定征收的条件小编已经做了详细的阐述。从核定征收的条件不难发现，核定征收的立足点在于纳税人“不能准确核算”或“不能提供资料”。而“不能准确核算”或“不能提供资料”可能会引起企业所得税的“核定征收”和增值税不得“抵扣进项税额”等蝴蝶效应。
企业所得税核定征收
依据国税发〔2008〕30号第三条之规定：纳税人具有下列情形之一的，核定征收企业所得税：
（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；
（二）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账薄的；
（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（六）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
从上述规定发现，企业所得税核定征收与土地增值增税核定征收条件都有“不能准确核算”或“不能提供资料”的元素。
增值税不得抵扣进项税额
对于一般纳税人而言，若土地增值税采用核定征收的方式，则增值税（一般征收方式）不得抵扣进项税额。
财税〔2016〕36号 附件一第三十三条之规定：有下列情形之一者，应当按照销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：
（一）一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的。
（二）应当办理一般纳税人资格登记而未办理的。
后续年度的纳税申报
在完成土地增值税清算后，对于尚未对外销售的物业或自持物业用于对外出租时，仍需要按照核定征收企业所得税。
重庆市对房地产开发企业核定征收的应税所得率为20%，对于单纯出租业务而言，其实际应税所得率远低于20%。
财务核算从不规范到规范的衔接
对于一个企业而言尤其是一般纳税人，不可能一直采用核定征收。那么自身的财务处理由“混乱”如何有序地过渡到“规范”，尤其未售开发产品计税基础如何确定，也将是一件令会计人员伤神又费力的事情。
因此纳税人在认为自身可能满足核定征收条件时，一定要尽可能得找到可以佐证的财务及相关资料，谨慎采用核定征收的清算方式。
一个土地增值税核定征收问题的讨论
某房地产开发公司的房地产开发项目核定征收土地增值税，但是由于核定收入时有一部分商品房为超规划建设，当时未纳入清算范围。目前这部分房地产已经销售，如何征收这部分超规划建设的房地产的土地增值税成了一个难以解决的问题。下面来讨论这个问题。
某房地产开发项目，2003年取得立项批文，规划总建筑面积7万平方米，实际建筑面积8.6万平方米，超规划建设1.6万平方米。超规划建设部分由于与国土管理部门在补缴土地出让金方面存在争议，不能领取销售许可证，不允许销售。
2009年，开发项目中除了超规划建设的部分，其他商品房均已销售。税务机关对已销售的部分进行了土地增值税清算，由于项目成本资料不全，对其进行了核定征收。当前房地产项目所在地税务机关规定的核定征收率为3.5%，税务机关据以发出了核定征收通知书。
直到2019年，房地产开发企业与国土地管理部门对超规划建设部分补缴土地出让金的问题得到解决。房地产开发公司同意将超规划建设的商品房进行拍卖，以拍卖收入补缴土地出让金。但是拍卖收入补缴土地出让金前应当缴纳土地增值税。这部分商品房该如何缴纳土地增值税？
房地产开发公司认为，也是通常的看法，超规划建设的部分仍是房地产开发项目的一部分，2009年税务机关对项目的核定征收通知书也适用于超规划建设的商品房，因此认为仍应当按3.5%核定征收。
但是2009年以来土地增值税核定征收政策发生了两个变化。
一是2010年《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）规定：为了规范核定工作，核定征收率原则上不得低于5%，各省级税务机关要结合本地实际，区分不同房地产类型制定核定征收率。
二是项目所在地省级税务机关取消了核定征收率的规定，要求对核定征收房地产开发项目测算税负，以测算的税负作为核定征收率征收土地增值税，测算的税负低于5%的，按5%核定征收。
存在这两个政策变化因素，超规划建设的部分还能按原核定征收方法征收土地增值税吗？
先要解决一个问题：超规划建设的商品房是不是原房地产开发项目的一部分。
这个问题要房地产开发项目的立项管理部门确定。如果确定不是原来房地产开发项目的一部分，要确定是按查帐方式还是核定方式征收土地增值税。如果这部分商品房难以确定扣除项目金额的，仍需要核定征收，很显然应按变化后的核定征收政策核定征收。如果立项管理部门将其认定为房地产开发项目的一部分，问题要复杂一些。
超规划建设部分是房地产开发项目的一部分，就这个项目来说，2009年该项目销售的比例未达到85%，不符合清算条件。在超规划建设部分销售后，房地产开发项目才达到了清算条件，因此房地产开发项目符合清算条件的时间是2019年。由于项目由于成本资料不全，难以计算扣除项目金额，仍要核定征收，但是核定征收应当适用2019年的政策。
作为问题讨论，还要讨论类似于该房地产开发项目的核定征收另外一种情况。
如果超规划建设的商品房面积不足以影响2009年对该项目清算条件的判断，又该如何征收其土地增值税。
假设该项目规划建筑面积为15万平方米，超规划建设1.6万元平方面，即使2019年销售超规划建设商品，但该项目符合清算条件仍然是2009年。
本人认为，尽管核定征收政策进行了调整，但是只适用政策实施之日之后的核定征收，而不追溯既往，只要政策没有对这种情况有针对性的调整核定征收的政策，应当对超规划建设的部分仍按2009年的核定征收通知书征收土地增值税。
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