财税[2009]61号文件废止了该文件有关营业税的部分，也就是营业税只要是从事医疗服务就可以医院免征。对营利性医疗机构自用的房产、土地、继续免征，3年免税期满后恢复征税。”
民办非营利性医院会计核算的现行规定及其缺陷
(一)民办非营利性医院会计核算的现行规定
目前，民办非营利性医院按规定应在民政部门注册登记为民办非企业单位，按规定执行《民间非营利组织会计制度》。该民营制度第二条规定：“本制度适用于在中华人民共和国境内依法设立的符合本制度规定特征的民间非营利组织。民间非营利组织包括依照国家法律、行政法规登记的社会团体、基金会、民办非企业单位和寺税收政策院、宫观、清真寺、教堂等。”
(二)上述做法的缺陷
1.无法满足卫生主管部门企业所得税的营利性会计信息使用需要
根据我国《医疗机构管理条例》的规定，民办非营利性医院与公立医院一样，要接受卫生主管部门的监管，按要求报送有关会计信息资料。长期以来，卫生主管部门在对医疗机构监管中使用的会计信息资料，无论是其口径、内容，还是格式，一直是以《医院会计制度》为基础。而民办非营利性医院在实施《民间非营利组织会计制度》后，会计科目和会计报表的内容与格式，与《医院会计制度》相比发生了很大变化。既无法直观反映出医疗行业的业务特点，又与公立医院会计信息缺乏可比性，已不能满足卫生主管部门的会计信息使用需要，违反了会计信息的相关性、可比性和明晰性原则。例如：《民间非营利组织会计制度》没有对举办者出资及办医结余进行单独核算，只在“净资产”下设置了“限定性净资产”和“非限定性净资产”两个科目，缺少了“收支结余”这一重要项目，而公立医院作为非营利性医院，对“收支结余”则核算得很清楚。为了便于监管，易于分析和对比，许多地方的卫生主管部门要求，民办非营利性医院的会计报表必须符合《医院会计制度》的规定格式。以笔者所在的医院为例，该医院为民办非营利性医院，每个季度向卫生主管部门以网络直报方式报送财务会计数据，直报为《医院会计制度》规定的报表格式，而该医院执行《民间非营利性组织优惠政策会计制度》，为了满足报送需要，不得不另行再花费时间，单独编制一套符合《医院会计制度》规定格式的会计报表。
2.该规定难以准确把握和运用
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