公司按照合同约定直接支付给劳务派遣公司包含的员工工资部分，允许在会计上计入“应付职工薪酬”科目核算，但是在企业所得税扣除方面，需要作为劳务费支出扣除，不得以工资薪金支出税前扣除。
根据《企业会计准则第9号—职工薪酬》第二条规定，企业为获得职工提供的服务或解除劳动关系而给予的各种形式的报酬或补偿，属于职工薪酬，应通过“应付职工薪酬”科目进行核算。因此公司支付给劳务派遣人员的工资部分，在会计上允许通过“应付职工薪酬”科目进行核算。
但是，根据《企业所得税法实施条例》第三十四条规定，允许税前扣除的工资薪金，是指支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬。
根据国家税务总局公告 2015 年第34号第三条规定，企业接受外部劳务派遣用工支出，直接支付给劳务派遣公司的费用，应作为劳务费支出进行税前扣除；直接支付给员工个人的费用，应作为工资薪金支出和职工福利费支出进行税前扣除。
由于公司是将劳务派遣人员的工资部分直接支付给劳务派遣公司，不是直接支付给员工个人，因此税法上，需要作为劳务费支出在所得税税前扣除。
综上，直接支付给劳务派遣公司包含的员工工资部分，允许在会计上计入“应付职工薪酬”科目核算，但是在企业所得税扣除方面，需要作为劳务费支出扣除，不得以工资薪金支出税前扣除。
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