一、分公司设立问题
《公司法》第十四条“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担”。由此可见，总公司在当地设立分公司是合法可行的，但一定要申请登记，领取营业执照。分公司是在业务、资金、人事等方面受总公司管辖而不具有法人资格的分支机构，没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。
二、签订合同问题
《民法典》第四百六十四条“合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议”。第七十四条“法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。”
分公司可以代总公司签订合同的，只要取得总公司的授权就行。另外，分公司也可以对外独立签订合同，用自己的名义从事经营活动。
根据《公司法》和《民法典》，一是分公司可以领取营业执照，进行独立营业，具有独立缔约能力。二是分公司民事责任的归属，即分公司不能独立承担民事责任，其一切行为的后果及责任由隶属公司承担。
在与分公司签订相关合同时，作为合同相对方，一定要审查分公司的总公司对其出具的授权委托书，明白总公司是否授权其对外签订合同，以及授权的额度。
三、诉讼主体问题
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十二条规定“民事诉讼法第四十八条规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括：……（五）依法设立并领取营业执照的法人的分支机构”，即依法登记的分公司属于“其他组织”。“其他组织”是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织。
分公司虽然没有独立的财产和法人资格，但只要分公司经过工商部门的登记后，领取了营业执照，分公司可以作为《民事诉讼法》上的其他组织，成为民事诉讼当事人。
四、开票缴税问题
1、税法要求，付款时必须保持合同主体、付款流、发票流一致，否则面临认定为虚开的税务风险，进项税票不得抵扣，也不能在企业所得税前扣除。
2、国家税务总局《关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）第二条“建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（以下称“第三方”）为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，与发包方签订建筑合同的建筑企业不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额”。
因此，建筑行业允许总公司签订合同后，由分公司提供建筑服务并收取价款，并由分公司向发包方开具增值税发票。
3、国家税务总局《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第17号） 第三条规定：“纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，应按照财税〔2016〕36号文件规定的纳税义务发生时间和计税方法，向建筑服务发生地主管税务机关预缴税款，向机构所在地主管税务机关申报纳税”。
上述2个公告是一致的，税款都是缴在当地。稍微区别是：建筑企业总公司开票收款，在建筑服务发生地预缴税款；分公司开票收款，在当地正常申报纳税。这样最终税款额会略有差别。
4、国家税务总局《关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）第三条规定：“纳税人在同一地级行政区范围内跨县（市、区）提供建筑服务，不适用《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第17号印发）。”
5、那么如果在建筑服务发生地不设分公司，能否申请当地税务机关代开发票（税款留在当地）呢？
首先，一般纳税人是自开发票的，不存在这种假设。
其次，小规模纳税人依据《营业税改征增值税试点实施办法》第五十四条规定“小规模纳税人发生应税行为，购买方索取增值税专用发票的，可以向主管税务机关申请代开”，即已办理税务登记的小规模纳税人以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。然而，对于三类纳入“自行开具增值税专用发票试点”范围的小规模纳税人，国税机关不再为其代开增值税专用发票。这三类纳入“自行开具增值税专用发票试点”范围的小规模纳税人分别为:月销售额超过3万元(或季销售额超过9万元)的建筑业、鉴证咨询业和住宿业小规模纳税人。所以建筑业小规模纳税人(2017年6月1日起)提供建筑服务，以及销售货物或发生其他增值税应税行为，需要开具增值税专用发票的，通过增值税发票管理新系统自行开具，主管国税机关不再为其代开。
因此，如果营业额较大，希望通过代开发票留税的做法不可行。
五、独立核算问题
分公司开票收款行为的前提，是分公司独立核算，分公司开票、分公司收款、分公司核算、分公司申报纳税。建设单位付款时必须保持付款流、发票流一致。分公司已经登记营业，具备开发票和开立银行账户资格，就应该分公司收款。否则仅仅分公司开票总公司收款，是不对的。
六、探讨结论
结论一：建筑企业提供建筑服务，可以总公司签订建筑合同，分公司开发票收款。必备条件是：分公司提供建筑服务，分公司申报登记、独立核算。
结论二：与总公司成立地不属于同一地级行政区域，建筑企业跨区县提供建筑服务，无论总公司、分公司谁开发票，税款都留在建筑服务地。
结论三：与总公司成立地属于同一地级行政区域，建筑企业跨区县提供建筑服务，总公司开票缴税在总公司所在，分公司开票缴税在分公司所在地。
