1.海关总署
深圳海关（正厅级）。辖区范围：深圳、惠州。
深圳海关
2.国家税务总局
深圳市税务局（正厅级）。
深圳市税务局
3.财政部
深圳监管局（正厅级）。
4.交通运输部
深圳海事局（正厅级）。
中国船级社深圳分社（正处级）。
深圳海事局
5.国家统计局
深圳调查队（副厅级）。
6.商务部
驻深圳特派员办事处（正厅级）。
7.人民银行
深圳市中心支行（正厅级）。
8.银保监会
深圳银保监局（正厅级）。
9.证监会
深圳证监局（正厅级）。
深圳证券交易所（副部级）。
深圳证券监管专员办事处（正厅级）。
深圳证券交易所
10.公安部（国家移民管理局）
深圳出入境边防检查总站（正厅级）。辖区范围：深圳。
公安部证券犯罪侦查局第三分局（深圳分局）（正厅级）。辖区范围：广东、广西、海南、重庆、四川、贵州、云南、西藏。
11.工业和信息化部
深圳市通信管理局（副厅级）。辖区范围：深圳。
深圳市烟草专卖局（副厅级）。
12.审计署
驻深特派员办（正厅级）。
应急管理部
深圳市消防救援支队（副厅级）。
13.新华社
新华社深圳特区支社（副厅级）。
14.中国科学院
深圳先进技术研究院（正厅级）。
深圳先进技术研究院
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