1 在会计电算化中应用的软件适用性差，集成程度低
在企业的会计电算化的应用软件中，主要的使用软件是由财务软件方面的厂商统一提供和销售的，也就是说同一套软件会被使用在不同企业规模或者是不同要求的企业电算化的运算中，对于不同的企业客户，会计电算化的要求也不同，因此，在大部分的会计电算化软件中，对于核算要求的考虑往往不够全面和细致，当会计人员在使用软件工作的时候经常需要做额外的软件辅助工作，这种情况给会计核算的工作带来了不必要的困扰，而且系统软件的使用在最初常常会存在大量的初始化工作，会计电算化的过程中难以添加工作所需的功能，对于电算化的数据分析不够透彻和全面，失去了会计电算化的一体性作用，给会计电算化工作带来了许多的不便。
2 在会计电算化的过程中，财务管理得不到相应的加强
企业会计电算化的功能在一定程度上体现了企业对于会计工作的要求，但是多数企业电算化的过程中只是简单代替了原有的以人工为操作过程的主要操作方法，在很大程度上只是简单减少了会计工作中会计人员的负担，过分重视在会计工作中的相关报数功能，而对于会计中的财务管理功能则没有得到相应的重视和负责，对于管理功能中的财务报表、成本核算等多个功能并没有严格的设计和功能上的把控，使得会计电算化的过程中无法良好发挥财务管理的重要功能，严重阻碍了会计电算化的工作进行。
3 会计电算化的过程中缺少了会计的审计功能
审计的功能对于企业的发展起着非常重要的作用，但是在以计算机为基础的会计电算化软件中却缺少了审计这一重要的功能，使得传统的审计线索发生了严重的变化，由于会计电算化的发展是基于计算机的电算化，员工对于新兴的电算化内容基本上还是处于一个陌生的阶段，对于电算化的内容不熟悉，使得基于计算机的会计电算化成为企业员工的难点，而且在企业的会计电算化系统中存在的系统故障也给会计电算化的工作带来了严重的困扰，使得会计电算化在与企业的会计工作进行的工程中常常处于严重的脱离状态，给企业经济带来了不良的影响。
4 会计系统中存在的信息安全性得不到保证，对企业造成困扰
对于一个企业的发展，企业的财务数目或者是数据对于企业未来的运转是非常重要的，作为一个企业发展的重要机密，应该受到高度的重视和保护，而会计电算化的发展是基于互联网为基础的，使用的会计电算化软件通常是由同一厂家生产和投入应用的，所以对于企业的财务数据等多个方面得不到基本的保障，企业的财务数据很容易被盗取，同时，厂商生产的会计电算化系统在一般情况下都会有一个加密的过程，但是对于企业的数据保护上并没有实质性的作用，在我国的企业发展中，由于会计电算化的系统多数缺乏日志等操作功能的存在，使得操作人员对会计电算化的操作中缺少内容上的认识和实际上的操作规范，容易导致企业的数据没有及时归档和保护，容易导致企业资料的外流，对企业的发展造成严重的伤害。
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