一、增值税税务处理
企业收到5000万元财政资金是否属于增值税应税收入，我们需要通过分析政府与企业签订的相关协议内容进行判定，本案例中企业取得5000万元财政资金主要用于基础设施建设，该财政补贴并没有与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量不直接挂钩。
根据《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》(国家税务总局公告2019年第45号)规定：纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。企业取得5000万元财政补贴资金，属于国家税务总局公告2019年第45号规定其他情形的财政补贴收入，不征收增值税。
二、企业所得税税务处理
企业收到5000万元财政资金，属于企业所得税法第六条规定，企业以货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。
若企业收到5000万元财政资金，符合财政部、国家税务总局《关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税[2011]70号)不征税收入条件规定，可以作为不征税税收入。同时符合不征收收入三个条件规定如下：
1.企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件。
2.财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求。
3.企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
若企业取得5000万元财政补贴资金，符合财税[2011]70号规定的不征税收入条件，可以作为不征税收入处理。但是同时根据财税[2011]70号第二条规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
三、土地增值税税务处理
本案例中，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，取得土地使用权所支付的金额可以作为计算增值额的扣除项目。企业取得5000万元财政资在土地增值税税务处理上是否冲减土地成本对计算土地增值税有重大影响。
根据《土地增值税暂行条例实施细则》对扣除项目中"取得土地使用权所支付的金额"规定为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用.实务操作中,房地产开发企业收到政府返还的"土地出让金"或政府给予的补偿返还款,虽然是政府对房地产开发企业的一种补助,是企业的一项营业外收入,但实质上是政府给予房地产开发企业的土地价款的折让,因此应扣减土地成本.返还5000万元地价款,实质上并不是"取得土地使用权所支付的金额"的范畴.因此,企业取得的返还款5000万元,在土地增值税清算时,应抵减房地产开发成本中的土地征用及拆迁补偿费 。 其他省市地方政策规定具体可参考如下：
1.《辽宁省地方税务局于明确土地增值税清算有关问题的通知》(辽地税函〔2012〕92号)第六条关于“房地产企业取得政府返还款的税务处理问题”明确规定：房地产开发企业从政府部门取得各种形式的返还款，地方税务机关在土地增值税清算时，其返还款不允许扣除，直接冲减土地成本。
2.《青岛市地方税务局关于房地产开发项目土地增值税税款清算管理暂行办法》(青地税发[2008]100号)第二十二条明确规定：对于开发企业因从事拆迁安置、公共配套设施建设等原因，从政府部门取得的补偿以及财政补贴款项，抵减房地产开发成本中的土地征用及拆迁补偿费的金额。
3.《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》(苏地税规[2012]1号)第五条中规定：纳税人为取得土地使用权所支付的地价款，在计算土地增值税时，应以纳税人实际支付土地出让金(包括后期补缴的土地出让金)，减去因受让该宗土地政府以各种形式支付给纳税人的经济利益后予以确认。
四、契税的税务处理方式
（一）政策规定
契税的计税依据：
1.国有土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖，为成交价格。
2.土地使用权赠与、房屋赠与，由征收机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格核定。
3.土地使用权交换、房屋交换，为所交换的土地使用权、房屋的价格的差额。
前款成交价格明显低于市场价格并且无正当理由的，或者所交换土地使用权、房屋的价格的差额明显不合理并且无正当理由的，由征收机关参照市场价格核定。
成交价格，是指土地、房屋权属转移合同确定的价格。包括承受者应交付的货币、实物、无形资产或者其他经济利益。
根据以上规定，国有土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖的契税的计税依据为成交价格。
（二）案例解析
公司契税的计税基础如何确定呢？
观点01：以支付土地出让金8000万元为契税计税基础。
应纳契税税额=8000*4%=320（万元）。
观点02：以支付土地出让金8000万元扣除政府土地出金返还5000万元后的实际成交价为契税计税基础。
应纳契税税额=3000*4%=120（万元）。
相差200万元，购地契税计税基础究竟是否可扣除土地返还，实践中是以招拍挂方式支付的出地出让金作为缴税依据
《财政部、国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税〔2004〕134号）规定，以竞价方式出让的，其契税计税价格，一般应确定为竞价的成交价格，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。
《国家税务总局关于明确国有土地使用权出让契税计税依据的批复》（国税函〔2009〕603号）规定，出让国有土地使用权，契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。对通过“招、拍、挂”程序承受国有土地使用权的，应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。
根据以上规定，通过“招、拍、挂”程序承受国有土地使用权的，契税的计税基础为土地成交总价款。因此，购地契税计税基础为土地成交价格8000万元，不能扣减土地出让金返还3000万元
五、税收建议
2、取得土地返还时，尽量按照财税[2011]70号规定的不征税收入三个条件取得政府相关文件，避免返还收入一次性缴纳企业所得税；
3、在不能取得相关文件的情况下，能否按照有利原则，与政府协议约定分期返还等方式尽量避免一次性高额缴纳所得税
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