案例：
我公司以项目公司取得国有土地使用权，拟进行房地产开发。后因为资金原因，选择将该项目公司100%股权转让给其他企业。请问股权转让行为是否需要缴纳土地增值税？
一、转让股权从法律上不等于转让土地使用权
这个问题不用多说，该案例中的法律关系是股权转让交易行为，而非土地使用权交易行为，如果将二者混为一谈，就意味着将股东财产和公司法人财产混为一谈，颠覆了有限责任公司存在的基础。这在法律上是不能接受的。
二、为什么会出现股权转让中土地增值税风险？
事情的根源在于2000年国税总局的一个批复，我们先来看看这个文件是怎么说的：
这个文件诠释了税务机关对于“实质重于形式”原则的理解，在这个案例中，目标公司股权100%一次性共同转让是形式，税务机关认为土地房产交易是实质，既然如此当然应按照业务实质缴纳土地增值税，避免了国家税款流失，十分完美。当然687号文的出台有极为复杂的背景和案例细节，我们在这里不做深入讨论。仅就文件本身及后续影响做一些分析。
那么最需要关注的是，这个文件自出台开始就争议不断，不仅仅是企业和税务机关的争议，税务机关之间对于该文件的理解也各有不同，主要集中在文件适用性、什么是100%一次性转让、如何理解资产主要是土地房产以及谁来交税几个关键点，下面谈谈我的个人看法。
三、关于687号文件的适用性
687号文是国税总局批复给广西税务局的，属于税务机关公文中的“批复”，对于批复的具体适用情况，《全国税务机关公文处理办法》中是这样界定的：
从这个界定可以看出，批复应为一事一议，也并未抄送其他税务机关，国税总局仅仅是就这个案例做了批复。从法律意义上讲只对广西税务局这个个案具有法律效力。但问题在于，在实质重于形式的大原则下，其他地方税务机关仍可以参照执行，这正是麻烦所在。
四、如何理解100%股权一次性共同转让？
案例中由于项目公司有两个股东，两个股东同时将所有股权转让，因此文件用了这个措辞，实务中的企业如果想要规避687号文的阴影，建议在股权转让模式上进行重新设计：
第一，尽量不要出现100%股权一次性转让，实务中的股权转移也通常是分次分批转移，因此可以将股权转让拆分为不同的两次甚至三次转移，而且时间间隔尽量长一点，比如一年以上；
第二，如果有两个以上股东，尽量在转让模式设计上不要全部转给一个股东，可以考虑转移给不同股东，避免共同转让陷阱。
五、如何理解“以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物”？
这个也是687号文界定交税的重要条件，也就是说股权的实质是资产，资产主要是土地房产，那就要实施穿透了，实务中如果房地产项目公司只有一块土地，当然无话可说，如果有其他资产和业务，能否推翻这一条界定？文件并没有给出答案，个人觉得至少土地房产超过资产的三分之二才可以做这样的理解。
六、如果适用687号文谁应该缴纳土地增值税？
这好像不是个问题，但偏偏是一个最重要的问题，如果按照687号文认定，转让股权本质上就是转让土地房产，应该缴纳土地增值税，纳税主体应该是谁？税务机关依然争议颇多。
项目公司交税显然不对，对项目公司而言，财税基础未发生任何变化，变得只是股东。股东应该交税吗？看起来好像也不大对，但从文件措辞来讲，是将股东转让股权视为转让土地房产，因此我的理解应该是由股东缴纳土地增值税。但股东缴纳完土地增值税后，项目公司未来再将土地房产转让时，实施土地增值税清算其扣除项目如何界定？如果按照账面价值则会造成土地增值税的多交，因此我理解应当按照股权转让价格作为扣除项目，因为上个环节股东已经交过税了。
七、我的最终观点
2、我个人并不认同687号文的穿透原则，很多税务机关实务中并未一刀切就能说明大多数人其实对于这个文件心存疑虑。
3、但企业并不应当将希望寄托在税务机关的理解上，最好的做法是在收购模式的设计上预先准备，避免被认定为100%股权一次性共同转让。
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