由于各种复杂的原因，多年来，各地普遍存在一些存量违法用地，也称历史遗留问题，而且量大面广。业内所称无权源建设用地，主要指没有经过征收转用和审批登记，但在土地调查中按现状用途变更的建设用地。
没有合法用地手续，还能长期占有使用，也有的私下转让，看似占了便宜，但不能办理土地抵押，不能正常进入土地二级市场，尤其是允许集体经营性集体用地入市后，没有合法用地手续的，会被排斥在公开市场之外。在土地征转中，对涉及的违法用地，要求必须处罚（处理）到位，由于不受《行政处罚法》规定的两年追溯期限制，违法用地上的建设物随时可能被依法强制拆除（或没收）。
对违法用地的处理，主要有三种方式，一是拆，二是补，三是挂。之所以存在大量历史形成的违法用地，主要是各地出于各种原因，一直没拆除（或没收），也没补办用地手续，有的可能罚了点款，就那么占着用着，但一直在账上挂着。
对如何处理存量违法用地，国家主要给出的政策和办法：一是通过补办用地手续和确权登记合法化；二是对在农村乱占耕地建房专项整治中摸底排查、登记上账的存量违法用地问题，提出试点先行，分类分步，稳妥处置，没要求各地对存量问题开展大规模、大范围集中整治，主要工作重点是管住新增，遏制增量。
在如何补办用地手续和办理确权登记方面，针对不同时期，国家已出台了一些政策规定，各地也有一些具体政策。
重要提醒：对乱占耕地建房、违反生态保护红线管控要求建房、城镇居民非法购买宅基地、小产权房等，不得办理登记，不得通过登记将违法用地合法化。
最新政策规定
对长期形成和存在的违法用地如何判定和处理，最近自然资源部出台了一些新的政策规定，但基层也有大量不同声音。
01不能翻新翻建
2021年11月26日，自然资源部办公厅印发的《土地卫片执法图斑合法性判定规则》规定，对《土地管理法》颁布实施后，在未经审批或无合法权源的建设用地上翻新、翻建、新建行为认定为新增非农建设违法用地。
通俗解释，就是要倒追35年。从1987年以来，如果你使用的土地至今没有合法手续，也没有通过补办和确权登记合法化，那就只能维持现状，屋顶漏了不能补，快塌了也不能推倒新建，否则，一旦被卫片发现，后果很严重，也非常麻烦。
这条政策与农村关系最大，直接涉及大量普通老百姓切身权益。政策公开发布以后，不仅很多农民在网上留言表达不同意见，一些基层执法者也觉得过于严厉，没有体现分类分步、稳妥处置原则，从人性化执法角度，对几十年前形成的历史遗留问题，尤其是涉及大量普通老百姓，实在难以下手。据悉，有关方面已提出不用从1987年算起，可从1999年以后（1998年修订《土地管理法》）算起，少追12年，让了一小步吧。
02如何认定地类
2022年3月9日，自然资源部办公厅印发《关于以"三调"成果为基础做好建设用地审查报批地类认定的通知》（自然资办函〔2022〕 411号）。其中有一条规定再次引起很大关注。
《通知》要求：建设项目用地审查报批的地类要以"三调"为基础的最新年度国土变更调查现状地类为准。其中，现状为建设用地，但无合法来源的，按照建设占用时的国土变更调查（土地变更调查）的实际地类报批。
这条规定说的是无权源建设用地（也就是存量违法用地）的地类认定问题。别说外行，业内人士也普遍反映看不太明白。字面上理解，就是对无权源建设用地，只向前追溯到建设时的年度变更调查地类即可，不用考虑二调甚至一调时的地类。这样挺简单，也省事儿，但实际情况错综复杂，基层会面临诸多难题，需要有关部门进一步做出详细解读。
分阶段处理政策
01补办用地手续问题
原国土资源部印发的《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见(试行)》(国土资发〔2016〕147号)（备注：此件有效期5年，目前已失效））提出：
用地行为发生在1986年12月31日之前的：由市、县人民政府土地行政部门出具符合土地利用总体规划的审核意见书，依照原国家土地管理局发布的《确定土地所有权和使用权的若干规定》进行确权后，由市县人民政府办理土地确权登记发证手续。
用地行为发生在1987年1月1日至1998年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，依照1988年修订的《土地管理法》有关规定，落实处理(处罚)措施后按土地现状办理征收手续。
用地行为发生在1999年1月1日至2009年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，按照1998年修订的《土地管理法》有关规定，缴纳耕地开垦费和新增建设用地土地有偿使用费，落实处理(处罚)措施后办理土地转用征收手续。
02集体建设用地使用权问题
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：
1987年《土地管理法》实施前：使用集体土地兴办乡（镇）村公益事业和公共设施，经所在乡（镇）人民政府审核后，可依法确定使用单位集体建设用地使用权。乡镇企业用地和其他经依法批准用于非住宅建设的集体土地，至今仍继续使用的，经所在农民集体同意，报乡（镇）人民政府审核后，依法确定使用单位集体建设用地使用权。
1987年《土地管理法》实施后：乡（镇）村公益事业和公共设施用地、乡镇企业用地和其他经依法批准用于非住宅建设的集体土地，应当依据县级以上人民政府批准文件，确定使用单位集体建设用地使用权。
03宅基地超面积问题
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：
1982年《村镇建房用地管理条例》实施前：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，无论是否超过其后当地规定面积标准，均按实际使用面积予以确权登记。
1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《土地管理法》实施时止：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，超过当地规定面积标准的，超过面积按国家和地方有关规定处理的结果予以确权登记。
1987年《土地管理法》实施后：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，超过批准面积建设的，不予确权登记。符合规划经依法处理予以保留的，在补办相关用地手续后，只登记批准部分，超出部分在登记簿和证书中注记。
历史上接受转让、赠与房屋占用的宅基地超过当地规定面积标准的：按照转让、赠与行为发生时对宅基地超面积标准的政策规定，予以确权登记。
04非本村成员宅基地问题
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：非本农民集体成员因扶贫搬迁、地质灾害防治、新农村建设、移民安置等按照政府统一规划和批准使用宅基地的，在退出原宅基地并注销登记后，依法确定新建房屋占用的宅基地使用权。
1982年《村镇建房用地管理条例》实施前：非农业户口居民（含华侨）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，可按实际使用面积予以确权登记。
1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1999年《土地管理法》修订实施时止：非农业户口居民（含华侨）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，按照批准面积予以确权登记，超过批准的面积在登记簿和权属证书附记栏中注明。
无权属没手续处理政策
01没有土地权属来源怎么办
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：
对于没有权属来源材料的宅基地：应当查明土地历史使用情况和现状，由所在农民集体或村委会对宅基地使用权人、面积、四至范围等进行确认后，公告30天无异议，并出具证明，经乡（镇）人民政府审核，报县级人民政府审定，属于合法使用的，予以确权登记。
对于没有权属来源材料的集体建设用地：应当查明土地历史使用情况和现状，认定属于合法使用的，经所在农民集体同意，并公告30天无异议，经乡（镇）人民政府审核，报县级人民政府批准，予以确权登记。
02没有规划手续怎么办
自然资源部印发的《关于加快宅基地和集体建设用地使用权确权登记工作的通知》（自然资发〔2020〕84号）规定：
对合法宅基地上房屋没有符合规划或建设相关材料的，地方已出台相关规定，按其规定办理。未出台相关规定，位于原城市、镇规划区内的，出具规划意见后办理登记。
位于原城市、镇规划区外且在《城乡规划法》实施前建设的，在办理登记时可不提交符合规划或建设的相关材料；位于原城市、镇规划区外且在《城乡规划法》实施后建设的，由集体经济组织或者村民委员会公告15天无异议或者异议不成立，经乡（镇）人民政府审核后，按照审核结果办理登记。
目前一些地方仍然存在大量多年形成的违法用地，整改难度非常大，主要还是：建的时候没人管，给了政策也不用，仗着关系无所谓，真要拆除就急眼。
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