企业人员问题

不管是兼职、临聘，还是全职的科技人员，在申报高企的时候，其工作人员一定要符合工作183天的时间要求。因此，企业一定要准确界定哪些员工是符合标准的，不允许为了达到科技人员比例，进行虚报。

高新技术收入占比问题

很多企业为了达到高新技术收入占比问题，会把贸易收入、简单的加工包装产品收入等加入到高新收入当中。但是这些收入并不能算入高新收入中，不会被专家所认可。因此，这些不符合规定的收入被剔除之后，导致高新收入占比不达标。

主要产品（服务）收入不足高新产品收入的50%

但企业若是因为知识产权数量有限，高新产品收入归集存在问题等原因，从而造成主要产品（服务）收入不足高新技术产品收入的50%，也是不会成功通过申报认定的。

研发开发管理制度文件千篇一律

不根据企业的实际情况制定制度文件，二是根据制度模板化且无制度实施佐证材料的，在评定中，会获得较低的分数。

缺少重要证明材料

有很多企业在上传附件的时候，容易出现上传材料错误，或是上传的附件材料内容模糊不清，或是上传材料的时候遗落，从而导致材料不齐等情况。

财务问题

会计师事务所所出具的年度审计报告中的审计意见为“保留意见”。而“保留意见”是指审计人员认为该企业的会计报表的反映就整体而言是公允的，但是还存在某些问题。

有些企业会自行修改纳税申报表且无税务部门盖章，存在作假问题；或各财务数据有较大差异，但是却无合理地解释说明。

产品销售与发票开具问题

1、发票不开具高新产品名称，销售收入归集难

高新技术产品销售开票项目只写统称，仅在规格栏中注明代码，发票对应销售收入难鉴别是否属于高新技术产品。

2、发票、销售明细账上货物名称难以确定是否是高新产品

部分化工企业申报产品使用专用术名，企业发票、明细帐使用通用名，难确定两者是否一致。

3、销售收入数据不准确

部分企业申报资料中的高新产品销售收入与纳税收入日常申报资料数据不一致。