一、研发费用加计扣除的流程
1、公司决定立项研发活动；
2、将委托或合作研发项目签订的合同在科技部门登记；
3、设立会计科目（研发支出项目及其子项目）；
4、设立该项目研发费用辅助账；
5、对研发支出进行会计核算；
6、按有关凭证填制“研发费用辅助账”；
7、填报《研发支出辅助账汇总表》作为财务报表附注报送税局；
8、填报《研发项目可加计扣除研究开发费用归集表》；
9、收集准备留存备查资料；
10、向主管税务局备案；
11、进行企业所得税汇算清缴年度纳税申报，申报享受相应优惠政策；
12、留存以上整个过程中的有关材料，以备税局后续查访管理。
二、研发费用加计扣除的管理
（一）会计核算
研究开发费用税前加计扣除有关政策适用于会计核算健全、实行查账征收并能够准确归集研发费用的居民企业。
企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理；同时，对享受加计扣除的研发费用按研发项目设置辅助账，准确归集核算当年可加计扣除的各项研发费用实际发生额。企业在一个纳税年度内进行多项研发活动的，应按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用。
按照企业会计准则的要求，企业可以设置“研发支出”科目核算企业进行研究与开发无形资产过程中发生的各项支出。企业自行开发无形资产发生的研发支出，不满足资本化条件的，计入“研发支出”科目（费用化支出）；满足资本化条件的，计入“研发支出”科目（资本化支出）。研究开发项目达到预定用途形成无形资产的，应按“研发支出”科目（资本化支出）的余额，结转“无形资产”。期（月）末将“研发支出”科目归集的费用化支出金额转入“管理费用”科目；期末借方余额反映企业正在进行无形资产研究开发项目满足资本化条件的支出。企业应对研发费用和生产经营费用分别核算，准确、合理归集各项费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
（二）税务管理
企业研发费用各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，税务机关有权对其税前扣除额或加计扣除额进行合理调整。税务机关对企业享受加计扣除优惠的研发项目有异议的，可以转请地市级（含）以上科技行政主管部门出具鉴定意见，科技部门应及时回复意见。企业承担省部级（含）以上科研项目的，以及以前年度已鉴定的跨年度研发项目，不再需要鉴定。税务部门应加强研发费用加计扣除优惠政策的后续管理，定期开展核查，年度核查面不得低于20%。
（三）纳税申报
1、预缴申报
填写《中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类，2015年版)》附表1《不征税收入和税基类减免应纳税所得额明细表》第30行“五、新产品、新工艺、新技术研发费用加计扣除”，填报纳税人根据企业所得税法和相关税收政策规定，发生的新产品、新工艺、新技术研发费用加计扣除的金额。
2、年度申报
填报《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表》附表A107014《研发费用加计扣除优惠明细表》。由于该表根据原先政策设置费用明细，所以估计新政策出台后本表栏次将会做相应修改。
（四）追溯执行
企业符合本通知规定的研发费用加计扣除条件而在2016年1月1日以后未及时享受该项税收优惠的，可以追溯享受并履行备案手续，追溯期限最长为3年
三、研发费用加计扣除的范围
（一）研发人员人工费
1、本公司研发人员，包括研究人员、技术人员、辅助人员的工资、五险一金、补助费等；
2、公司对研发人员的股权激励；
3、外聘研发人员的劳务费用；
其中，外聘研发人员的劳务费，不是以你企业总共付出的劳务费为准，而是按相应劳务派遣企业收到你的费用后，实际支付给外聘研发人员的工资薪金等费用。
（二）直接投入研发的费用
1、研发活动直接消耗的材料、燃料、动力费用；
2、用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费用；
3、不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费用；
4、试制产品的检验费用；
5、仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用；
6、通过经营租赁方式租入的仪器、设备租赁费用。
（三）仪器设备的折旧费和无形资产的摊销费用
1、仪器、设备的折旧费（用于研发活动的）；’
2、软件、专利权的摊销费用（用于研发活动的）；
3、许可证、专有技术的摊销费用（用于研发活动的）；
4、设计和计算方法的摊销费用（用于研发活动的）；
（四）新技术的各类费用
1、新产品的设计费；
2、新工艺规程的制定费；
3、新药研制的临床试验费；
4、勘探开发技术的现场试验费。
（五）其他相关费用
其他相关费用的总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。主要有：
1、职工福利费、补充养老保险费、补充医疗保险费；
2、资料费、资料翻译费；
3、专家咨询费；
4、科技研发保险费；
5、研发成果的相关费用（如对结果进行检索分析、评议论证、鉴定评审、验收费等）；
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