一、船舶挂靠经营特点产生船东个人账户收取运费，是水运行业普遍现象。
国内水运市场多种经济并存，民间投资购买船舶占市场总运力80%以上，成为国内水运市场的主力军。然而由于交通运输部《水条》规定，从事国内水路运输经营，运力达到600总吨以上船舶，需具备公司主体地位，公司运力规模应达到交通运输部规定运力规模，且应配备相适应的海机务等管理人员，以及建立安全管理制度；目前运力规模标准最低要求按照“省际”、“省内”“普通货船”“危险品船”区别不同最低运力规模标准，如：从事省际普通货船运力规模最低标准为5000总吨（约8000载重吨）。按照这个运力准入标准，很多个人购买船舶只能挂靠具备水路运输经营资质的船务公司经营；一部分单船虽然运力达到规模，但船东成立公司经营，管理成本较大，也选择“挂靠经营”。
由于船舶经营各项成本费用难以取得发票，无法准确核算财务收支，被挂靠船公司不愿意将挂靠经营的船舶收支纳入其公司核算，船东只能以个人名义对外经营，被挂靠船公司仅负责船舶安全管理和办理船舶经营手续，这种经营方式成为水运行业挂靠经营船舶的普遍做法。
船舶经营船舶船东以个人名义对外经营，无法开具增值税发票，因此行业习惯挂靠经营船舶接受托运人委托运输，只能以不含税价签订运输合同，运费收支船东个人账户办理。在以前这种签订不含税价合同，船东个人账户收取运费，似乎都没有问题，也成为一种行业习惯。但是在金税4期即将于2022年8月正式上线，对接了银行系统，个人账户收款将被大数据监控，船东个人收取运费没有纳税，将带来巨大税收风险。
二、挂靠经营船舶是以被挂靠船公司名义还是船东个人名义签订运输合同呢？
挂靠船舶财务收支未纳入被挂靠船公司核算，不得以被挂靠船公司签订运输合同；若以被挂靠船公司签订了运输合同，应当以被挂靠公司开具增值税发票结算收取运费，由被挂靠公司纳税；若以被挂靠公司签订运输合同，被挂靠公司不开票结算运费，被挂靠公司则承担补税的风险；因此挂靠船舶财务未纳入被挂靠船公司核算，不应以被挂靠船公司签订运输合同，应当以实际船东个人名义签订运输合同。
那么船东个人名义签订运输合同是否具备法律效力呢？
根据最高人民法院《关于国内水路货物运输纠纷案件法律问题的指导意见》（法发[2012]28号）“第九条、挂靠船舶的实际所有人以自己的名义签订运输合同，应当认定其为运输合同承运人，承担相应的合同责任。第十条、挂靠船舶的实际所有人以被挂靠企业的名义签订运输合同，被挂靠企业亦签章予以确认，应当认定被挂靠企业为运输合同承运人，承担相应的合同责任。”之规定，挂靠船舶实际所有人以自己名义签订运输合同，认定实际所有人为合同承运人，承担相应合同责任，具有法律效力，同时实际所有人承担纳税义务。反之，若以被挂靠船公司名义签订运输合同，由被挂靠船公司签章，被挂靠船公司承担运输责任，承担纳税义务。
三、承运人应当如何纳税增值税和所得税
1、以被挂靠船公司名义签订运输合同，被挂靠船公司属于一般纳税人的（年营业收入500万元以上），应按营业收入9%开具增值税发票，申报销项税金，如有成本进项抵扣，按照进销项差额缴纳增值税，企业所得税按照利润的25%缴纳。
2、船东以个人名义签订运输合同，个人账户收取运费，如为小规模纳税人的（年营业收入500万元以下），可按照国家税务总局关于发布《货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票管理办法》的公告（国家税务总局公告2017年第55号）第三条 “纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务，需要开具增值税专用发票的，可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地（含互联网物流平台所在地）中任何一地，就近向税务机关（以下称代开单位）申请代开增值税专用发票”之规定，申请代开增值税3%专用发票（今年疫情政策1%），并缴纳增值税和个人所得税。
3、货物运输小规模纳税人个人所得税依照经营所得适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率。
级数 全年应纳税所得额 税率（％） 速算扣除数
1 不超过30000元的 5 0
2 超过30000元至90000元的部分 10 1500
3 超过90000元至300000元的部分 20 10500
4 超过300000元至500000元的部分 30 40500
5 超过500000元的部分 35 65500
货物运输小规模纳税人应纳税所得额核定率为5%。
应纳税个人所得税=营业收入*应纳税所得率5%*经营所得超额累计税率-速算扣除额。
比如：实际承运人年运费500万元，其应纳税所得额=500万元*核定所得率5%=25万元，则适用第三档20%税率，应缴纳个人所得税=25万元*20%=5万元-速算扣除额10500=39500元，换算成营业收入税负率为0.79%，疫情政策减半征收则为0.395%，低于500万元税负率逐步降低。
按照上述计算，个人船东以自己身份签订运输合同，个人收取运费，按照货物运输业小规模纳税人申请代开货物运输增值税发票，依照今年疫情政策，代开1%增值税发票，其负担增值税和附加以及个人所得税，税负不超过1.5%。只要开具的发票，缴纳了税款，船东个人账户收取运费才能做到合规合法。
目前代开增值税发票可按照《货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票管理办法》的公告（国家税务总局公告2017年第55号）第三条 “纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务，需要开具增值税专用发票的，可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地（含互联网物流平台所在地）中任何一地，就近向税务机关（以下称代开单位）申请代开增值税专用发票”，若通过物流互联网平台承接的运输业务，也可以按照文件规定，由互联网平台所在地税务局由平台企业帮助申请代开。（完）
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