但运费这部分已开普通发票(开出口普通发票减掉了运费怎么办)

可以抵扣，这个属于混合销售。从主营，按照销售货物缴纳增值税。

文件出处：《营业税改征增值税试点实施办法》

第三十九条 纳税人兼营销售货物、劳务、服务、无形资产或者不动产，适用不同税率或者征收率的，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。

第四十条 一项销售行为如果既涉及服务又涉及货物，为混合销售。从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税；其他单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售服务缴纳增值税。

根据上述判断：

1、销售方自己运输（前提自己有运输资质，运输属于许可经营）：因为属于混合销售，按照销售货物缴纳增值税，所以运费作为价外费用，按货物的税率缴纳增值税。所以销售方开具了同一张增值税专用发票。

同一张增值税发票专用发票只能有一个税率。

因为混合销售的存在，所以许多企业把运输部门拨离，独立成立运输企业。因为销售货物是17或13%的税率，而运输只有11%的税率。这样可以把运费的部分税率降下来。

2、销售方自己不运输，委托其他运输企业。分两种情况：

（1）收取运费，按全部金额开发票给购买方。运输企业的发票开具给销售方。

（2）收取运费，按扣除运费的销售额开具发票给购买方，而运输企业的发票直接开具给购买方。

显然上述企业，如果不是自己运输，选择的是方法一。

同一张增值税发票专用发票只能有一个税率。

但是前几天有一会计，提供一张同时有17%销售，11%的运费发票给我看。新版防伪税控可能对此进行了修改，确实开具出来了。但是销售货物同时提供运输，属于混合销售，应该按17%开具发票。