一、按月预缴预缴阶段：
（一）甲公司和乙公司分别根据实际支付的工资薪金“各自”预扣预缴个人所得税
1、文件依据
《中华人民共和国个人所得税法》第九条：个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。
2、预扣预缴过程
甲公司和乙公司各自根据应付给自然人A的工资薪金，扣除基本减除费用减除费用、专项扣除、专项在附加扣除和依法确定的其他扣除后的余怎么额，为应纳税所得额，按照税率表计算预扣的个税。
3、存在公司的问题
自然人A在预扣预缴环节存在基本减除费用（5000元/月）被重复扣除的问题。
（二）六项专项附加扣缴纳除在甲公司扣除还是在乙公司扣除个税
1、文件依据
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十八条，居民个人取得工资、薪金所得时，可办理以向扣缴义务人提供专项附加扣除有关信息，由扣缴义务人扣缴税款时减除专项附加扣除。纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人减除专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取办理得的所得中减除。
2、具体扣除过程
假两个设自然人A符合六项专项附加扣除条件，可以扣除三项内容：子女教育费每月10去办00元，房贷利息每月1000元，赡养缴纳老人每月2000元。A可以在申报专项附加扣除时，可以选择子女教育费在甲公司扣除，房贷、赡养老人项目在乙公司扣除，也可以选择都在甲公司，或者乙公司扣除，但是不能把赡养老人2000元的扣除在额分别在甲公司、乙公司各扣除1000元。
二、汇算清缴怎样阶段
（一）自然人甲是否要汇算清缴
1、文件依据
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十五条 取得综合所得公司需怎么办要办理汇算清缴的情形包括：
（一）从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；
（二）取得劳务报酬所得、怎么办稿酬所得、特许权使用费所得中一项或者多项所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；
（三）纳税年度内预缴税额低于应纳税额；
（四）纳税人申请退税。
2、案例分析
自然人A已经在两处取得工资薪金，符合 “从两处以上取得综合所得” 的条件，如综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元，需要汇算清缴，没有超过则不需要汇算清缴去办。
（二）在哪里汇算清缴，A的户籍所在地还是甲公司或乙公司的注册地？
1、文件依据
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十九条 纳税人可以委托扣缴义务人或者其他单位和个两个人办理汇算清缴。
《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告 》（国家税务总局公告2018年第62号 ）需要办理汇算清缴的纳税人，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职怎样、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税年度个税自行纳税申报表》。纳税人有两处以上任职、受雇单位的，选择向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报；纳税人没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或经常居住地主管税务机关办理纳税申报。
2、案例分析
自然人A可以自己通过国家税务总局开发的App(自然人税收管理系统）进行汇算清缴个税申报，也可以委托甲公司、乙公怎么司或者其他服务机构或者个人代为办理汇算清缴。汇算清缴的主管税务机关，自然人A 可以选择上海税务局或者北京税务局，并办理相关的退、补税手续。
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