行政处罚法的重要内容是规范行政处罚程序。针对此前全国人大常委会会议审议的修订草案一审稿，有些常委会委员、部门、地方和专家学者建议进一步完善行政处罚程序。修订草案二审稿对立案程序、听证程序、回避程序等内容作出修改。
修订草案二审稿规定符合立案标准的，行政机关应当及时立案。同时，对应当立案不及时立案的，设定相应法律责任。在听证范围中增加“降低资质等级”的行政处罚种类；明确听证结束后，行政机关应当根据听证笔录作出行政处罚决定。增加规定执法人员的回避由行政机关负责人决定。
修订草案二审稿还增加文明执法内容，执法人员应当文明执法，尊重和保护当事人合法权益。明确执法人员在调查或者进行检查时，应当主动向当事人或者有关人员出示执法证件。当事人或者有关人员有权要求执法人员出示执法证件。执法人员不出示执法证件的，当事人或者有关人员有权拒绝接受调查或者检查。同时，修订草案还细化行政处罚决定公开要求，明确行政处罚决定应当按照政府信息公开的有关规定予以公开。
此外，为了简政放权、优化营商环境，修订草案二审稿规定，国务院部门和省、自治区、直辖市人民政府及其有关部门应当定期组织评估行政处罚的实施情况和必要性，对不适当的行政处罚事项，应当提出修改或者废止的建议。
