《综保区管理办法》共六章四十七条，体现了继承创新等五个方面的特点：一是继承《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》核心内容；二是固化综合保税区的政策措施，集成近年来海关总署出台的多个规范性文件中的监管举措；三是体现机构改革后海关新职能，增加检验检疫相关规定要求；四是预留发展空间，适应综合保税区双循环发展实际需求；五是强调协同治理，海关在综合保税区依法实施监管不影响地方政府和其他部门依法履行其相应职责。
截至目前，通过不断整合优化，我国综合保税区数量达到155个，占现有海关特殊监管区域数量的比例达92.8%，已成为海关特殊监管区域绝对主力军。2021年，全国综合保税区实现进出口值5.9万亿元（人民币，下同），同比增长23.8%，较同期全国外贸进出口增幅（21.4%）高2.4个百分点，占同期全国外贸进出口值（39.1万亿元）的15.1%，以不到十万分之五的国土面积，实现全国七分之一强的外贸进出口值。
《综保区管理办法》的出台，将有力提升综合保税区管理的规范化、法制化水平，进一步优化综合保税区营商环境。对打造对外开放新高地，推动综合保税区发展成为具有全球影响力和竞争力的加工制造中心、研发设计中心、物流分拨中心、检测维修中心、销售服务中心，进一步促进综合保税区高水平开放高质量发展具有积极意义。
