一、政策背景
根据财政部、国家税务总局、中国人民银行在2019年2月2日执行的《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号），单位上年度有代扣代收代征税款的，可以向税务机关提交上一年度“三代”税款手续费申请相关资料，申请退付手续费。“三代”税款手续费按年据实清算，对扣缴义务人按照所扣缴的税款付给百分之二的手续费，因“三代”单位或个人自身原因，未及时提交申请的，视为自动放弃上一年度“三代”税款手续费。
二、软件操作
自2020年开始，申请退付手续费，可通过自然人电子税务局（扣缴端）进行，扣缴义务人登录自然人电子税务局（扣缴端）以下简称扣缴端，左侧导航栏点击进入“退付手续费核对”模块，软件会自动下载结报单，先核对“退付手续费”核对清册，核对无误的，确认结报单，税务机关以扣缴义务人确认的结报单，作为退付手续费的依据，自动启动退付流程。
具体“退付手续费核对”操作，只需以下四个步骤，即可完成核对确认工作。
步骤一：点击扣缴端左边导航栏“退付手续费核对”功能，进入该模块软件会自动下载结报单，手工获取可以点击左上方【获取结报单】按钮，从服务端获取结报单和核对清册；
步骤二：等待数据下载完成后，如图所示
步骤三：可以点击“单户核对清册”查看实际入库明细清单，方便核对数据；
具体如何核对？你可以通过查询你实际申报记录进行详细核对，这里注意结报期限是以税款实际入库时间为准，不是以税款所属期。
方法一：结合扣缴端的“查询统计——单位申报记录查询”功能进行比对，核对时候也要注意所属期和税款入库的差异。
方法二：结合单位申报个税的银行对账单，完税证明，进行比对。
步骤四：对结报单和核对清册中的内容核实无误后，点击【我已核对无误】进行结报单确认，即可自动启动退税流程。如果数据核对有误，则需要前往税务大厅核定并确认结报单。
步骤五：点击【我已核对无误】后，纳税人对申请手续费金额及接收手续费的银行账户信息进行确认，若确认无误后点击【提交】按钮即可发起局端退税流程。
通过以上五个步骤，即完成“退付手续费”确认操作。如果当地税务机关对申请确认渠道另有规定的，请以当地主管税务机关为准。
另外，“退付手续费核对”模块右上角提供结报单、单户核对清册的【导出】功能。
三、符合哪些条件的单位
可以申请手续费退付？
只要按规定履行了个人所得税的代扣代缴义务，同时满足以下三个条件的单位，就可按照规定申请手续费返还。
1、符合“三代”（代扣代缴、代收代缴和委托代征）的法律规定范围。
2、财务制度健全、便于税收控管和方便纳税、能够独立承担民事责任。
3、有熟悉税收政策的专门办税人员。
对于绝大多数的法定扣缴义务人都能满足以上条件，当然也有例外，企业未按照法律、行政法规或者委托代征协议规定履行代扣、代收、代征义务的；或因企业自身原因，没有确认“退付手续费核对”结报单，视同放弃的。
四、收到的退付手续费，
是否还需要缴纳相关税费？
1、手续费返还是否需要缴纳增值税
“收到退付的手续费”是否要缴纳增值税，各地对政策的理解不一，税总和绝大部分地区税务机关相继明确认为要征收增值税。需要交的地区，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务---经纪代理服务”缴纳增值税。一般纳税人税率6%，小规模纳税人征收率3%。
2、个人取得代扣代缴手续费返还是否需要交个税
①如果是发给办理代扣代缴手续的相关人员免征个税；
②如果公司用于其他用途，比如：作为奖金或者集体福利的性质奖励给非相关人员则应并入员工当期工资薪金计征个人所得税。
参考政策：财税字[1994]20号第二条第五款，个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费暂免征收个人所得税。
3、单位取得的个税手续费返还是否要缴企业所得税
企业取得的个人所得税手续费返还需要做为应税收入，缴纳企业所得税。
五、收到税务部门返还，个税手续费账务处理（按缴纳增值税处理）
财行[2019]11号文规定，个税手续费返还的收入，可用于您单位与“三代”业务直接相关的办公设备、人员成本、信息化建设、耗材、交通费等管理支出。
六、常见问题
1、退付手续费确认提示：无满足条件的退库银行账号，请先到税务机关报送银行账号？
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