先看看相关规定：
1、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目包括（四）与转让房地产有关的税金；
2、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字〔1995〕6号）第七条规定，与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税，因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
从暂行条例及实施细则的规定，可以看出在转让房地产时缴纳的印花税是可以在计算土地增值税时予以扣除的。
3、《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）九、关于计算增值额时扣除已缴纳印花税的问题：
细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。其他的土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时允许扣除在转让时缴纳的印花税。
这条规定是说房地产开发企业在转让房地产时缴纳的印花税可以扣除，但由于在会计核算上已计入管理费用，在土地增值税清算时与其他管理费用、销售费用一并按规定计算扣除了，所以不需要再按实际缴纳数单独扣除；非房地产企业及个人在转让房地产时缴纳的印花税可以据实扣除。
《关于印发<增值税会计处理规定>的通知》（财会[2016]22号）规定，全面试行营业税改征增值税后，"营业税金及附加"科目名称调整为"税金及附加"科目，该科目核算企业经营活动发生的消费税、城市维护建设税、资源税、教育费附加及房产税、城镇土地使用税、车船税、印花税等相关税费；利润表中的"营业税金及附加"项目调整为"税金及附加"项目。
依据《增值税会计处理规定》，印花税，包括房地产企业在转让房地产时缴纳的印花税在税金及附加科目核算，而不是在管理费用核算了，《施工、房地产开发企业财务制度》也早已不再执行。那么印花税按理说应该按实际缴纳数扣除了吧。
其实还是不行。理由很简单，财税字〔1995〕48号文件仍然有效，从事房地产开发的纳税人清算适用的土地增值税申报表只单独列示了营业税、城市维护建设和教育费附加，没有单独列示印花税。
会计政策和税收法规本来就是两回事，会计准则是指导企业进行会计核算的，税收政策是指导企业进行纳税的，不应该因会计核算的变化引起税收上的争议。
本人认为，房地产开发企业在土地增值税清算时印花税的扣除应该分三个方面：
1、 拿地环节及项目开发过程中缴纳的印花税应该计入成本并按规定加计扣除；
2、 转让房地产时缴纳的印花税应该据实扣除；
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