房地产企业土地增值税清算扣除项目审核是土地增值税清算的核心之一。
一、扣除项目审核的基本程序和方法：1、评价与扣除项目核算相关的内部控制是否存在、有效且一贯遵守。2、获取或编制扣除项目明细表，并与明细账、总账及有关申报表核对是否一致。3、审核相关合同、协议和项目预(概)算资料，并了解其执行情况，审核成本、费用支出项目。4、审核扣除项目的记录、归集是否正确，是否取得合法、有效的凭证，会计及税务处理是否正确，确认扣除项目的金额是否准确。5、实地查看、询问调查和核实。剔除不属于清算项目所发生的开发成本和费用。6、必要时，利用专家审核扣除项目。
二、审核各项扣除项目分配或分摊的顺序和标准：1扣除项目能够直接认定的，审核是否取得合法、有效的凭证。2、扣除项目不能够直接认定的，审核当期扣除项目分配标准和口径是否一致，是否按照规定合理分摊。3、审核并确认房地产开发土地面积、建筑面积和可售面积，是否与权属证、房产证、预售证、房屋测绘所测量数据、销售记录、销售合同、有关主管部门的文件等载明的面积数据相一致，并确定各项扣除项目分摊所使用的分配标准。如果上述性质相同的三类面积所获取的各项证据发生冲突、不能相互印证时，应当追加审核程序，并按照外部证据比内部证据更可靠的原则，确认适当的面积。4、审核并确认扣除项目的具体金额时，应当考虑总成本、单位成本、可售面积、累计已售面积、累计已售分摊成本、未售分摊成本(存货)等因素。
三、具体审核的项目和内容：
应当审核纳税人申报的扣除项目是否符合土地增值税暂行条例实施细则第七条规定的范围。审核的内容具体包括： 取得土地使用权所支付的金额；房地产开发成本，包括：土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用；房地产开发费用；与转让房地产有关的税金；国家规定的其他扣除项目。
取得土地使用权所支付的金额。一是审核取得土地使用权支付的金额是否获取合法有效的凭证，口径是否一致。二是如果同一土地有多个开发项目，审核取得土地使用权支付金额的分配比例和具体金额的计算是否正确。三是审核取得土地使用权支付金额是否含有关联方的费用。四是审核有无将期间费用记入取得土地使用权支付金额的情形。五是审核有无预提的取得土地使用权支付金额。六是比较、分析相同地段、相同期间、相同档次项目，判断其取得土地使用权支付金额是否存在明显异常。
结合房地产开发企业提供的土地使用权证、地价款凭证、土地使用权出(转)让合同、契税完税凭证、银行支付凭证及与政府相关部门的协议等，审核“取得土地使用权所支付的金额”是否真实、准确、完整。重点关注出让合同、土地票据和契税完税凭证相关信息是否一致、是否存在逾期开发的土地闲置费、已预提尚未支付的土地出让金等支出违规列入开发成本等情况。
附表一
取得土地使用权所支付的金额明细审核表
