在实务中，上市公司的股东身份，分别有自然人股东、有限责任公司股东、合伙企业股东等三种不同的方式，因为股东身份的不同，其在股份转让时，涉及的税收具有明显的不同，现就这方面的内容作出具体的分析，以供各位同仁参考。
一、自然人股东
根据税法等规定直接持股股东（自然人股东）可能面临以下税负：
第一、所得税
（1）股权转让个人所得税
股东进行限售股的股权转让时，需要缴纳20%的财产转让所得税。
限售股解禁后一般将应纳税所得额减去股权转让的成本再乘以20%所得的值为股权转让所得税，但是如果股东无法提供成本的凭证，税务机关通常会按照15%来核定成本，因此最终税率为20%×（1-15%），即17%。
（2）股息红利所得税
按照目前的税收政策，自然人股东如果从公开发行和转让市场上取得上市公司股票，持有期小于1个月的按20%的税率全额计入应纳税所得额；如果持股期限大于1个月但是小于12个月的，减按50%计入应纳税所得额，即10%；持有期大于12个月的，则免征所得税。
自然人股东持有的限售股在解禁前减按50%计入应纳税所得额，即10%；解禁后与上市公司的股票相同。
第二、增值税
根据《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》，个人从事金融商品转让业务，免征增值税。
二、有限公司股东
有限公司股东形式，承担的税收主要如下：
第一、所得税（限售股）
（1）按照15%的核定成本扣除，公司在股权转让后所需要缴纳的税率为25%×（1-15%），即21.25%。
（2）公司向股自然人东分红时，股东C还需要缴纳20%的个人所得税。
（3）土地中的有限责任公司从上市公司取得分红时免征企业所得税，但是分配给自然人股东时，自然人股东需要缴纳20%的个人所得税。
第二、 增值税
股权转让时公司缴纳6%的增值税，按附加税12%的比例，增值税及附加税累计为6.72%。
综上所述，企业所得税加增值税和附加税再加上个人所得税[个人所得税的计算方式为【1-（1-15%）（1-25%）】×20%=7.25%]，自然人通过公司转让限售股最终承担的税率为35.22%。
需要说明的是：非上市企业未公开发行股票，其股权不属于有价证券，转让非上市公司股权不属于增值税征税范围；转让上市公司股权（股票）应按照金融商品转让税目征收增值税。此外，个人从事金融商品转让免征增值税。
三、有限合伙股东
所得税（限售股）
第一、转让个人所得税
有限合伙企业每一纳税年度的收入总额减去成本、费用，以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
部分地方上为了鼓励股权激励投资类合伙企业，在合伙企业转让限售股时，对不执行合伙事务的个人合伙人和执行合伙事务的个人合伙人区别征税，分别按照20%的财产转让所得或者5%～35%的个体工商户的生产经营所得征税。
第二、股息红利所得税
合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利缴纳20%的个人所得税，因此自然人通过合伙企业持股时，从上市公司取得的股息红利的个人所得税率为20%。
第三、增值税
有限合伙的增值税与有限责任公司的增值税相同，即股权转让时公司缴纳6%的增值税，按附加税12%的比例，增值税及附加税累计为6.72%。
综上所述，若按20%的税率征收个人所得税，整体税负为17%的个人所得税加上6.72%的增值税和附加税，为23.72%；若按照5%～35%超额累计税率表计算，整体税负则为10.97%～36.47%。
四、不同持股方式的优劣势对比分析
第一、在控制权方面：
三种持股方式对比，自然人持股的管控能力最低，公司的控制权易分散，有限责任公司持股相对于自然人直接持股来说可以集中控制权，有限合伙的持股方式对控制权的集中优势比较明显，公司进行股权激励的时候多数采用这一方式。
第二、在税务筹划方面
自然人持股虽然只需要缴纳个税，但是税务筹划空间比较小；以有限公司作为平台进行持股，双重征税的整体税务较高，但是可以将收益计入公司的应纳税所得额和公司的经营收益一起纳税，可以弥补以前年度亏损，也可以扣除其他费用，税收筹划空间较大，甚至可以享受创投企业税收优惠；以合伙企业作为持股平台相对于有限责任公司来说税负较低，由于可以享受税收优惠，所以有较大的税收筹划空间，但是前期和减持的时候税费负担都较重，税收优惠项目较少，有限合伙人没有主动权。
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