按照《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号，下称57号文）的规定，已知跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）总分机构企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法，除了一些特殊领域的大型央企和金融企业外，总分机构的企业所得税征收管理办法均适用57号文的规定。
那么在适用57号文的规定时，有哪些常见的问题？
组织形式的税负比较
预计A公司来年盈利1000万元，新设公司预计亏损400万元，若A公司计划于同年新设组织机构，现有子公司和分公司两种选择，从节税角度应作何种选择？
（1）成立分公司，A公司需要缴纳企业所得税=（1000-400）*25%=150万元；
（2）成立子公司，A公司需要缴纳企业所得税=1000*25%=250万元，子公司的亏损只能由其以后年度的利润弥补。
结论：当预计分支机构初期发生亏损时，应纳税所得额小于0，采取分公司形式时，综合税负较低。
总分公司税额分配方式
A公司业务发展迅速，分别在甲、乙、丙三省分别设立三个分公司，预计今年应纳所得税额600万元，三个分公司应如何缴税。
总机构（A公司）分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额*50%=600*50%=300万元
所有分支机构（含甲省分公司、乙省分公司、丙省分公司）分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额*50%=600*50%=300万元
按照57号文第十五条的规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
则甲分公司分摊比例=（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）*0.35 （该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和）*0.35 （该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）*0.30=（100/580）*0.35 （10/67）*0.35 （55/260）*0.30=17.60%
同样的，乙分公司=33.78%，丙分公司=48.62%
则甲分公司缴纳的企业所得税=300*17.60%=52.8万元，乙分公司缴纳的企业所得税=300*33.78%=101.34万元，丙分公司缴纳的企业所得税=300*48.62%=145.86万元。
哪些分支机构不就地分摊缴纳企业所得税？
按照57号文第五条的规定，以下分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
如果A公司（甲省）2022年跨地区设立B分支机构（乙省），那么按照第五条第三款的规定，新设立的B分支机构，在设立当年不在乙省就地分摊缴纳企业所得税，由A公司在甲省统一缴纳企业所得税。如果A公司在甲省享有税收返还等优惠政策，在当地返税是依据缴纳的基础来确定的，那么综合来说，是对企业最有利的。
总公司申请认定为高新技术企业
分公司是否能够享受优惠税率？
根据《高新技术企业认定管理办法》第二条的规定，高新技术企业是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册的居民企业。
《企业所得税法》第五十条第二款规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。由此可知，我国企业所得税法实行得是法人所得税制。高新技术企业是以居民企业的身份申报的，而分公司不具有独立法人资格，总分公司属于是同一居民企业，同时，按照57号文的规定，总分机构缴纳企业所得税应“统一计算”，由总机构汇总计算的。因此高新技术企业15%的优惠税率适用总公司和分公司，分公司可以以同一居民企业的名义，享受15%的优惠税率。
总公司在西部大开发地区
分公司能否享受优惠税率？
若分公司不在西部大开发地区，按照57号文第十八条的规定，总分公司处于不同税率的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照分摊比例计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按照分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
计算步骤为：
（1）全部应纳税所得额=1000 200=1200万元
（2）总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额*50%=1200*50%=600万元
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额*50%=1200*50%=600万元
（3）汇总纳税企业的应纳所得税总额=600*15% 600*25%=240万元
（4）A公司应纳税所得额=240*50%=120万元
甲分公司应纳税所得额=240*50%=120万元
如果A公司有多个分公司，则仍是按照营业收入、职工薪酬和资产总额所对应的权重0.35、0.35、0.30，在120万元的应纳税额范围内，分别计算多个分公司分别需要缴纳的应纳税额。
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