商铺住宅联体楼是指房地产开发企业开发的底层是店铺，店铺上面是普通住宅的开发项目。其中普通标准住宅标准必须同时满足：“住宅小区建筑容积率在1.0以上、单套建筑面积在120平方米以下；实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格1.2倍以下；允许单套建筑面积和价格标准适当浮动，但向上浮动的比例不得超过上述标准的20%。”
1、税企争议焦点
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当前，在进行房地产土地增值税清算时，对于商铺住宅联体楼的土地增值税如何计算，出现了税企争议比较大的两种计算方法：
方法一是按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按建筑面积分别核算各自的增值额，再计算土地增值税；
方法二是先按店铺和店铺上面的普通住宅各自的建筑面积分开计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
这两种计算方法，到底应该使用哪一种计算方法呢？税企争议的焦点是：对于企业来讲，出于节税的考虑，倾向于第一种计算方法；对于需要及时完成税收任务的税务机关来讲，更倾向于按照方法二进行计算土地增值税。谁是谁非？这涉及到税收法定和税收公平问题，为此，依据计算现有的税收法律，对商铺住宅联体楼土地增值税计算方法进行探讨。
2、有关商铺住宅联体楼土地增值税计算的法律依据及评判
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（1）土地增值税清算单位的确定
关于土地增值税清算单位如何确定的法律依据如下：《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第八条规定：“土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。”关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知（国税发〔2006〕187号）第一条第一款规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”
（2）普通住宅享受土地增值税优惠政策的相关规定
《中华人民共和国土地增值税土地增值税暂行条例》（国务院令[1993]第138号）第八条第（一）项规定：“纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。”
关于土地增值税一些具体问题规定的通知（财税字[1995]048号）第十三条规定：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用《中华人民共和国土地增值税土地增值税暂行条例》（国务院令[1993]第138号）第八条的免税规定。
关于印发《土地增值税清算鉴证业务准则》的通知（国税发〔2007〕132号）第四十条第（二）项规定：“如果企业有多个开发项目，审核收入与扣除项目金额是否属于同一项目；如果同一个项目既有普通住宅，又有非普通住宅，审核其收入额与扣除项目金额是否分开核算。”
关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知（国税发〔2006〕187号）第一条第二款规定：“开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。”
关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发[2009]91号）第十七条规定：“清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。”
（3）政策评判
基于以上政策规定，对其评判如下：
第一，土地增值税清算单位必须以房地产最基本的核算项目或核算对象为单位计算，所谓的“最基本的核算项目或核算对象”是指房地产开发企业在当地建设主管部门（例如建设委员会或建设局）报批的房地产开发项目，如果是分期建设的项目，则以分期项目为清算单位。由于商铺住宅联体项目，在实践当中都是以商铺联体住宅作为一个项目在当地建设主管部门（例如建设委员会或建设局）报批的，而决不是把商铺和商铺上面的普通住宅分别向当地建设主管部门报批。因此，对于商铺住宅联体项目的土地增值税清算，应把商铺住宅联体作为一个项目清算单位，而不能把商铺和商铺上面的普通住宅分别作为一个清算项目。
第二，开发项目中同时包含2021年普通住宅和非普通住宅的，普通住宅要享受免土地增值税的税收待遇，必须分别核算普通住宅和非普通住宅的增值额，而不是分别核算其收入额和扣除额，再分别计算其增值额。
从以上税收法律规定来看，财税字[1995]048号第十三条、国税发〔2006土〕187号第一条第二及款和国税发[2009]91号第十七条都规定，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算普通住宅和非普通住宅的增值额。唯独关于印发《土地增值税清算鉴证业务准则》的通知（国税发〔2007〕132号）第四十条第（二）项要求同一个项目既有普通住宅，又有非普通住宅，需要对普通住宅和非普通住宅的收入额与扣除项目金额分开核算。由于财税字[1995]048号是财政部和税务总局联合颁布的税收政策文件，国税发〔2007〕132号是税务总局发的税收政策文件，根据“税率上位法优于下位法”的法律适用原则，财税字[1995]048号优于国税发〔2007〕132号的法律效率，应以财税字[1995]048号的规定为主。再说国税发[2009]91号是2009年税务总局发的文件，国税发〔2007〕132号是2007年发的文件，两个文件都是程序性法律文件，根据新法优于旧法的原则，国税发[2009]91号优于国税发〔2007〕132号的法律效率，应以国税发[2009]91号的规定为主。
第三，分别核算增值额的核算方法没有明确的法律规定。根据以上所列举的法律规定，可以发现，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，或者同一个项目既有普通住宅，又有非普通住宅的，普通住宅要享受免土地增值税的税收待遇，必须分别核算普通住宅和非普通住宅的增值额。至于如何分别核算普通住宅和非普通住宅的增值额，没有明确规定，或者规定很含糊。
“分别核算增值额”的含义，笔者认为有两种含义：第一种是对普通住宅和非普通住宅的收入额和扣除额分别计算，然后分别计算出普通住宅和非普通住宅的增值额；第二种是把含普通住宅和非普通住宅的开发项目看成一个整体，先算出整体项目的增值额和增值率，再根据普通住宅和非普通住宅各自的建筑面积占整个项目的建筑面积的比例分增税配计算各自的增值额。实践中，第一种主要适用于，在当地建设主管部门报批的一个项目中的普通住宅和非普通住宅的物理位置是分开的。例如在一个报批项目中，东边是20栋普通住宅，西边是一个商场，就应该对20栋普通住宅和商场分别计算其收入额和扣除额，再计算其各自的增值额。第二种主要适用于在当地建设主管部门报批的一个项目中的普通住宅和非普通住宅的物理位置是一起的，不能分开的。例如商铺住宅联体项目，底层是商铺，商铺上面是普通住宅，两者是一体的，其物理位置都在一起。应该是把店铺和店铺上面的普通住宅看成一个整体项目，分别核算整体增值额，然后根据各自的建筑面积占整个项目的建筑面积的比例分配计算各自的增值额。
3、案例分析
（一）案情介绍：
某房地产开发公司开发商品住宅楼一幢，底层为商铺，面积1000平方米，商铺以上为普通标准住宅，面积为5000平方米，合计6000平方米。该住宅楼项目土地成本为120万元，房屋开发成本600万元，其他费用按比例扣除。该项目商铺收入为500万元，普通标准住宅收入为500万元，合计1000万元，税金及附加55万元。假设以上收入和成本都是不含增值税，请问应如何计算缴纳商铺住宅联体楼的土地增值税？
（二）土地增值税计算方法评析：
根据前面的税方法收政策评判，我国现有税法对同一个项目既有普通住宅又有非普通住宅，要享受普通住宅免土地增值税的税收待遇，只明确要求分开核算增值额，而对如何计算土地增值税没有具体规定，在实际土地增值税征收计算中，有两种土地增值税计算方法：
一种是按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按面积分别核算增值额，计算土地增值税；
另一种是先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
方法一：按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按建筑面积分别核算增值额，计算土地增值税。
扣除项目＝土地成本＋房屋开发成本＋费用扣除10％＋加计扣除20％＋税金＝120＋600＋（120＋600）10％＋（120＋600）20％＋55＝991（万元）。
增值额＝收入－扣除项目＝（500＋500）－991＝9（万元）。
增值率＝增值额扣除项目100％＝9991100%＝0.9％。低于50%，适用30%的税率。
由于增值率未超过20％，因此5000平方米普通标准住宅免土地增值税。
商铺应纳的土地增值税＝91000600030％＝0.45（万元）。
方法二：先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
普通标准住宅扣除项目＝12050006000＋60050006000＋（100＋500）30%＋5550006000＝825.83（万元）。
普通标准住宅增值额＝500－825.83＝－325.83（万元），无增值额。
商铺扣除项目＝12010006000＋60010006000＋（20＋100）30%＋5510006000＝165.17（万元）；
商铺增值额＝500－165.17＝334.83（万元）；
商铺增值率＝334.83165.17100%＝202.72%，适用60%的税率。
商铺应纳土地增值税＝334.8360%－165.1735%=143.09（万元）。
由此可见，两种方法计算相差悬殊，按第一种方法应纳的土地增值税为0.45万元，按第二种方法应纳土地增值税为143.09万元。
到底应该选择方法一还是选择方法二呢？对于企业来讲，应该选择方法一可以使企业节省142.64万元土地增值税（143.09万元-0.45），对于需要及时完成税收任务的税务机关来讲，更倾向于按照方法二进行计算土地增值税。
（三）计算方法评析
从现有的税法来看，方法一是正确的税务处理方式。根据前面的政策评判，该房地公司是以商铺住宅联体作为整体在当地建设主管部门进行报批的一个项目，作为一个成本核算单位，应以商铺住宅联体作为作为土地增值税的计算单位。第一种土地增值税计算方法符合按“最基本的核算项目或核算对象为单位计算”的规定，而且计算出整体项目增值额后，按面积进行了增值额分摊，也符合财税字[1995]48号“分别核算增值额”的规定。
第二种计算方法虽然符合税法“分别核算增值额”的规定，但是显然不符合“纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算”的规定。因为，第二种计算方法把商铺和商铺上面的普通住宅分别看成成本核算单位，不符合《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第八条和《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第一条第一款的规定。
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