对于二手房转让，土地增值税扣除项目的计算存在两种方式：一是按土地成本加房屋重置成本确定扣除金额；二是按发票加计确定扣除方式。这两种方式是否可以由纳税人自由选择呢？
一相关政策
（一）土地成本加重置成本
1、《土地增值税暂行条例》规定：“计算增值额的扣除项目包括：……新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；……。”
2、财税字〔1995〕48号文件规定：“转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。”
《土地增值税暂行条例实施细则》规定：“旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。”
（二）发票加计
1、财税〔2006〕21号文件规定：“自2006年3月2日起，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。”
2、国税函〔2010〕220号文件规定：“计算扣除项目时‘每年’按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。”
二相关问题分析
（一）为什么要增加发票加计扣除方式？
土地增值税条例细则以及财税字〔1995〕48号文件都是基于1994年、1995年的相关情况制定的，事实上存在许多考虑不周的方面。各地土地增值税的真正开征实际上是在2004年，税务总局和各省地税局开始着手完善相关政策。对于二手房（旧房）交易，当时只考虑了取得土地并自建的情形，未考虑直接购买商品房（一手房）或者二手房的情形。对于直接购买房屋来说，购买方只能取得房屋发票而不能取得土地价款凭据，在不能确定土地成本的情况下是无法采用“土地成本加重置成本”的扣除模式的，因此财税〔2006〕21号文件增加了发票加计的扣除模式。
（二）如何理解无土地价款就不能扣除的规定？
财税字〔1995〕48号文件规定：“对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。”现实中有很多情形是无法取得地价款凭据的，例如购买商品房和二手房、由于历史原因卖方未开发发票或者行政事业性收据、通过拆迁安置取得土地（不支付补价则不可能取得出让金票据，支付补价也仅仅是补价部分有票据）等等。目前，很多地区已经明确，契税凭证、交易（出让）合同等凭证可以代替地价款凭据。此外，在确实找不到地价金额的证据时，也可以采取核定征收方式征收土地增值税（核定征收问题在下一期讨论）。笔者认为，无地价款凭证就不允许扣除地价的规定是简单粗暴的，如果执行此规定将会大幅度增加纳税人的不合理负担，这一规定虽然没有明文废止，但是在实践中已经等同于废止。
（三）两种扣除方式能否由纳税人自由选择？
笔者认为，土地成本加重置成本以及发票加计两种扣除方式实际上是无法自由选择的。纳税人取得房屋存在两种方式：一是购买土地后自建；二是直接购买房屋。对于购买土地后自建的房屋，纳税人可以分别取得土地成本票据和建安成本票据，此情形下不存在购房发票，也就无法使用发票加计方式扣除。对于直接购买的房屋，纳税人只能取得购房发票，此情形下不存在土地价款凭据，也就无法使用土地成本加重置成本方式扣除。
根据财税〔2006〕21号文件规定，使用发票加计扣除方式的适用条件为“不能取得评估价格，但能提供购房发票的”，笔者认为这一表述是不严谨、不准确的。评估价格在任何情形下都是可以取得的，不存在“不能取得”的可能（难道评估机构拒绝评估？），只不过在没有土地成本的前提下评估房屋的重置成本是没有意义的。
综上，对于购买土地后自建的房屋，必须采取土地成本加重置成本确定扣除金额；对于直接购买的房屋，必须采取发票加计方式确定扣除金额，两者没有可选择性。
（四）房屋（旧房）为什么要采取评估方式扣除？
国税函发〔1995〕110号文件规定：“转让旧房及建筑物的，在计算其增值额时，允许扣除由税务机关参照评估价格确定的扣除项目金额（即房屋及建筑物的重置成本价乘以成新度折扣率后的价值），以及在转让时交纳的有关税金。这主要是考虑到如果按原成本价作为扣除项目金额，不尽合理。而采用评估的重置成本价能够相对消除通货膨胀因素的影响，比较合理。”
从土地增值税税法精神可以看出，土地增值税只对土地的增值征税，对房产的增值不征税，房产出售时的公允价值是全额剔除的，土地增值额理论上应当等于出售时土地的公允价值减去取得土地的计税成本。房屋的重置成本（还要乘以成新度折扣率）就是当前重新建造同样的房屋所需要的成本，也就是房屋当前的公允价值，以此作为扣除金额，就是要将房屋的增值（或减值）从土地增值额中剔除。在理论上，房屋的价值只会影响土地增值税增值率，不会影响增值额。刚刚建成的新房，可以视为建造成本等于评估的重置成本，因此不需要走评估程序。
（五）土地成本能否采用评估方式扣除？
当土地成本不清晰时（例如外购房屋无土地成本），能否采用评估方式扣除呢？目前有些地区确实存在采用评估方式扣除的现象，笔者认为这种做法是值得商榷的：如果土地成本按照评估的公允价值扣除，则土地增值额和应纳税额必然归零；如果土地成本按照评估的历史成本（取得时的公允价值，通常按照当年政府出让同类土地的基价计算）扣除，则是极其不准确的，土地取得方式不同则历史成本不同：以划拨方式取得的土地成本应为零；通过资产重组或者企业改制方式取得的土地，计税成本应为前手成本，而不是取得时公允价值；以出让方式取得的土地，应当考虑当时是否给予财政返还，取得土地是否存在附加条件（例如安置职工，承担负债，为政府代建保障性房屋）；通过债务重组取得的土地应考虑承担债务的情况，等等。因此，在土地成本不清晰时，应当区分不同情形，采用合法、合理的方式核定土地成本，而不宜直接采用评估方式确定。
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