《财政部 国家税务总局 中国残疾人联合会关于印发<残疾人就业保障金征收使用管理办法>的通知》（财税〔2015〕72号）第二条规定，保障金是为保障残疾人权益，由未按规定安排残疾人就业的机关、团体、企业、事业单位和民办非企业单位（以下简称用人单位）缴纳的资金。
国家层面上并没有分公司是否单独缴纳残疾人就业保障金的相关规定，可参考地方性的规定并与当地征管机关沟通确认。
《省财政厅 省地方税务局 省残疾人联合会 中国人民银行武汉分行关于印发<湖北省残疾人就业保障金征收使用管理实施办法>的通知》（鄂财法规〔2017〕11号）第九条：保障金由用人单位所在地的地方税务局负责征收，实行属地管理。用人单位总机构和分支机构不在同一县（市、区）的，应分别在各自机构所在地的地方税务机关申报缴纳保障金。
国家税务总局深圳市税务局（2021-10-19）：
问：深圳的总公司，分公司在外省或者外市，社保和工资都是由分公司购买及发放，申报残疾人就业保障金的时候有个“上年度在职职工工资总额”怎么填写？
答：《关于工资总额组成的规定》（国家统计局令第1号1990年1月1日）第三条：“工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额”。
用人单位按照上年本单位在职职工人数及为其实际支付的劳动报酬总额来填写申报表中的“上年在职职工工资总额”。分公司员工的社保及工资均不由总公司支付，则不纳入总公司“上年度在职职工工资总额”。这也意味着，总公司和分公司是分别计算缴纳残疾人保障金的。
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