一、减免租金的增值税风险
增值税与此可能相关的文件有两个：
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件一第十四条：下列情形视同销售服务、无形资产或者不动产：（一）单位或者个体工商户向其他单位或者个人无偿提供服务，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。
《国家税务总局关于土地价款扣除时间等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第86号）规定，纳税人出租不动产，租赁合同中约定免租期的，不属于《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1营业税改征增值税试点实施办法第十四条规定的视同销售服务。
这里的关键是减免租金应作为视同销售缴纳增值税还是作为免租期不缴纳增值税？比如减免三个月租金的情况下该怎么做？
首先我认为不应按照视同销售处理，这并不是无偿提供服务，而应视为合同期内整体租金的减免，那么应当按照最终实际收到的租金计算缴纳，如果之前已经收取租金，采取退还模式的，应冲减收入，开具红字增值税发票；如果采取延期模式的，应签署补充协议进行说明。
其次，这是否属于免租期呢？实务中存在不同理解，按照税法约定，免租期应当在租赁合同中预先约定，而政策原因的减免租金不可能在合同中做预先约定，很多人认为签署补充协议约定三个月为免租期，我觉得反而是画蛇添足，与政策精神不符。但由于免租期有明确税收规定，租金减免按照免租期理解税务机关比较容易接受，因此实务中大多数都按照免租期条款作为参考文件。
二、减免租金的企业所得税风险
所得税和租金相关也是有两个文件：
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十九条规定：企业所得税法第六条第（六）项所称租金收入，是指企业提供固定资产、包装物或者其他有形资产的使用权取得的收入。”租金收入，按照合同约定的承租人应付租金的日期确认收入的实现，免租期不属于承租人应付租金的日期，因此，免租期内企业所得税中无须确认租金收入。
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）规定：
一、关于租金收入确认问题
根据《实施条例》第十九条的规定，企业提供固定资产、包装物或者其他有形资产的使用权取得的租金收入，应按交易合同或协议规定的承租人应付租金的日期确认收入的实现。其中，如果交易合同或协议中规定租赁期限跨年度，且租金提前一次性支付的，根据《实施条例》第九条规定的收入与费用配比原则，出租人可对上述已确认的收入，在租赁期内，分期均匀计入相关年度收入。
既然在前面已经分析了减免租金的业务实质，那么所得税处理也就不再纠结，如果已经确认收入，直接冲减当期收入即可，如果没有确认收入，不再确认该部分收入。当然，理解为免租期结果是一样的。
三、减免租金的房产税风险
《财政部、国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》财税[2010]121号第二条规定：对出租房产，租赁双方签订的租赁合同约定有免收租金期限的，免收租金期间由产权所有人按照房产原值缴纳房产税。
如果理解为整体租金减免，不涉及房产税问题，但如果理解为免租期，就应当由出租方按照原值缴纳房产税，这实际上增加了出租人的税收负担。
实务中，很多税务机关按照免租期理解，并根据减免房租政策出具了对应的房产税减免政策，但各地情况不同，需要区别对待。
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