增值税免税收入的会计处理，实务中主要有两种方法。一是价税分离记账法，二是价税合计记账法。
1.价税分离记账法
政策依据：《财政部关于减免和返还流转税的会计处理规定的通知》（财会字〔1995〕6号，以下简称6号文件）第二条二款规定，对于直接减免的增值税，借记“应交税金——应交增值税（减免税款）”科目，贷记“补贴收入”科目。
2．价税合计记账法
政策依据：《国家税务总局关于国有粮食购销企业开具粮食销售发票有关问题的通知》（国税明电〔1999〕10号，以下简称10号文件）第三条规定，国有粮食购销企业开具增值税专用发票时，应当比照非免税货物开具增值税专用发票，企业记账销售额为“价税合计”数。
结论：
1.对于增值税税款的直接减免，应适用6号文件。
例：某货运公司（增值税一般纳税人）当月运费有收入和成本费用支出，当年新招用失业人员10人，经税务机关依法确认定额扣减增值税4万元。会计处理如下（单位：元，下同）：
实现收入时：
借：银行存款
贷：主营业务收入
应交税费——应交增值税（销项税额）
支出成本费用时：
借：主营业务成本
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
减免增值税款时：
借：应交税费——应交增值税（减免税款）
贷：营业外收入——补贴收入
2.对于确定的增值税免税收入，应适用10号文件的基本精神，即价税合计记账法。在企业所得税方面，如符合不征税收入条件，可将本环节免征的增值税作为“补贴收入”处理。
例：某县新华书店（增值税一般纳税人）本月购进图书5000册，款项从银行支付，取得了增值税普通发票。本月销售图书6000册，款项全部存入银行。会计处理如下：
购进图书时：
借：库存商品
贷：银行存款
销售图书时：
借：银行存款
贷：主营业务收入
确认不征税收入时：
借：主营业务收入
贷：营业外收入——补贴收入
3.对于不确定的增值税免税收入，适用价税分离记账法。其免征的增值税作为“补贴收入”处理。
例：某设计公司（小规模纳税人、小微企业）2013年8月10日和26日取得设计收入。本月无其他收入，会计处理如下：
8月10日取得收入时：
借：银行存款
贷：主营业务收入
应交税费——应交增值税
8月26日取得收入时：
借：银行存款
贷：主营业务收入
应交税费——应交增值税
月底确认免征增值税收入时：
借：应交税费——应交增值税
贷：营业外收入——补贴收入
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