税务稽查局的执法权限问题，一直是实践中的难题。司法观点一般认为，在现行生效的2001年《税收征管法》颁布之前，税务稽查局没有独立的执法主体资格，这是2001年《税收征管法》实施前的一项共识。例如，最高人民法院1999年10月21日发布的《关于对福建省高级人民法院〈关于福建省地方税务局稽查局是否具有行政主体资格的请示报告〉的答复意见》指出：地方税务局稽查局以自己的名义对外作出行政处理决定缺乏法律依据。
稽查局查处“应缴未缴”案件是否超越了法定职权，是税务稽查局执法实践中面临的一个普遍问题。“应缴未缴”是1992年《税收征管条例》的概念，2001年《税收征管法》弃之不用，但是，实践中，存在大量“应缴未缴”案件。在税法类型化分析中，学理上可以将不存在明显违法行为的涉税案件，称为税收案件或者“应缴未缴”案件，比如，一般反避税案件、纳税评估案件等。这类案件的典型特征是，不存在明显的涉税违法行为，因此不具有可惩罚性，不予以行政处罚，法律文书采用《税务处理决定书》或者《税务事项通知书》，而不采用税务处罚决定书。
《税收征管法实施细则》第九条第二款规定：“国家税务总局应当明确划分税务局和稽查局的职责，避免职责交叉。”由此可见，行政法规《税收征管法实施细则》授权国家税务总局，划分税务局和稽查局的职权职责范围。为此，
（1）国税发[2003]124号文规定：“征收管理部门与稽查部门在税务检查上的职责范围要按照以下三个原则划分：一是在征管过程中，对纳税人、扣缴义务人履行纳税义务的日常性检查及处理由基层征收管理机构负责；二是税收违法案件的查处（包括选案、检查、审理、执行）由稽查局负责；三是专项检查部署由稽查局负责牵头统一组织。”
（2）国税函[2003]140号规定：“稽查局的现行职责是指：稽查业务管理、税务检查和税收违法案件查处；凡需要对纳税人、扣缴义务人进行账证检查或者调查取证，并对其税收违法行为进行税务行政处理（处罚）的执法活动，仍由各级稽查局负责。”
（3）国税发[2004]108号文规定：“税务稽查案源主要从以下几个方面确定：举报案件；日常管理过程中发现有偷、逃、骗税等税收违法行为嫌疑、需要移送稽查的案件；上级交办的案件；稽查局按规定采取计算机选取或人工随机抽样等办法选取并与税源管理部门协调后确定的案件；外单位（包括国际情报交换）转办的案件等。”“确有偷逃骗税以及虚开等嫌疑的，移送稽查部门查处。”
（4）国税发[2004]125号规定：稽查局负责“举报、交办转办、移交的税务违法案件；与公检法的协调协查的案件；增值税法发票抵扣案件稽查协查案件；专项检查和整顿税收秩序工作。”
（5）国税函[2006]818号《国家税务总局关于<税收征收管理法>相关配套制度制定情况的通报》指出：“关于税务局和稽查局的职责划分，已在总局的相关文件中明确。具体规定在《国家税务总局关于印发〈关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见〉的通知》（国税发〔2004〕125号）中体现。”
请留意，上面这些规范性文件里的表述：“税收违法行为”“税收违法案件”“税务违法案件”，但是，《税收征管法》没有定义“税务（税收）违法案件”的内涵。学理上一般认为，偷逃抗骗案件属于典型的税收违法案件，而“特别纳税调整”案件和35条第6款规定的“核定计税依据”案件也即“一般反避税”案件，不属于税收违法案件，而属于一般性的税收案件，或者归类为“应缴未缴”案件即可。纳税评估案件，或者税收评定的案件，一般也不属于税收违法案件。个人所得税法修改之后，自然人需要进行个税预缴预扣，年度汇算清缴，这就需要税收评定制度加以衔接，对自然人的纳税申报和退税申请，实施税收评定，多退少补。这将改变现行税收征管的流程和格局。学理上，将特别纳税调整、一般反避税等案件视为“脱法”行为，不认定为“违法”案件，鉴于其行为基于市场主体的交易自由和意思自治，其行为介于“合法”与“违法”之间，因此成为“脱法”行为，一般不对此类行为实施税务行政处罚。税收案件，与税收违法案件，是截然不同的两个概念。
有实务专家指出，从《税收征管法》“其他向社会公开的税务机构”和《实施细则》的专司违法犯罪调查案件，到国税发[2004]125号文“税收违法调查 专票检查 专项检查”再到实践中的“轮查与普查”。稽查局的立案范围，一再扩大。而司法权力在行政权力的扩张面前一再保持“尊让”，又助长了稽查局立案范围一再扩大的趋势，相应地，立法缺陷问题在司法“尊让”面前被遮蔽。司法有限尊让理论认为，立法司法行政各司其职，司法权对于行政权的干预和审查，应保持谦抑和一定程度的限度。然而，在税务司法领域，我们看到的实际情况是，司法对行政权的大幅度“尊让”，而非“司法有限尊让”。这个现实，不能不令人深思。
2005年，国税发〔2005〕43号《国家税务总局关于印发〈纳税评估管理办法（试行）〉的通知》下发之后，我国建立起纳税评估制度。纳税评估案件，不采用稽查手段，不发出税务检查通知书，也不实施处罚，因此，实质上属于“应缴未缴”案件。纳税评估，与国际上通行的“税收评定”（tax assessment）类似。但是，由于我国“税收征管法”没有定义“纳税评估”的相关立法条款，故此，该制度存续法律依据阙如，一直饱受争议，纳税评估案件与税务稽查案件两者的界限，虽然在理论上容易区分，但因为立法阙如，实践中两者经常混淆或打架。
由于实定法依据不足，各地司法机关对于税务稽查局的执法权限问题，一直采取“司法尊让”的态度，根据“行政惯例”构成行政法渊源的理论，判决税务稽查局办理36条第6款“核定计税依据”之一般反避税案件、其他以《税务处理决定书》表现的“应缴未缴”案件，不超出法定职权职责范围，只有少数法院，判决稽查局办理“偷逃抗骗案件”之外的案件，属于超越职权。故此，稽查局的立案范围，实际上没有法律约束，稽查局经常立案查处“应缴未缴”案件，然后制作并发出《税务处理决定书》，稽查权限和纳税评估权限，经常打架。有论者认为，严格说来，最高法院提审的德发案件，判决虽有多处可圈可点之处，但是，在税务稽查局的职权职责问题上，或存在瑕疵。这可能与当前税务司法环境有关，对于税收程序法和实体法问题，法院的司法决断力，在税收行政权力面前“司法尊让”有余，“乾坤独断”不足。迄今为止，很少看到，法院对税收规范性文件说“不”的案件，就是明证。实际上，大量税收规范性文件的合法性审查，已经浮出水面，司法权力对此必须有所作为。
回到本文要解决的主题。稽查局的执法权限问题，有三个处理方法：一是，在修改《税收征管法》时，赋予税务稽查局涉税违法犯罪调查权，将稽查权彻底归位，赋予稽查局“完整稽查权”，这是最理想的方法，但是涉及公安的经济侦查职能切割和分配，目前或有现实困难。二是，明确定位稽查局涉税违法案件的检查权，在税务检查一章中，改动个别条款，就可以做到。三是，与之配套，对《税收征管法》税额确认章节作相应修改，以回应《个人所得税法》修改带来的税收征管流程和征管格局巨变。特别需要指出，对于每单个人所得税的退税申请，主管税务机关须作出税收评定，发出退补税通知书，也就是税额确认通知书或者评税通知书。因此，简单的方法，就是在不改动《税收征管法征求意见稿》（2015国务院法制办）结构框架的基础上，对个别条款作技术性处理，明确税务稽查局仅仅查处税收“违法案件”即可，并对“违法案件”的范围给出明确的定义。
未来，应将原来的纳税评估程序，转换成税额确认程序或者税收评定程序，彻底取消“纳税评估”这一没有实定法依据的概念，而换之以“税额确认”这样的立法表述。这样，评估和稽查的界限，就通过立法予以划定，评估和稽查这两者长期“打架”的执法困境，或将成为历史。
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