根据《国家税务总局关于增值税发票管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第33号），2020年2月1日起，增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书（以下简称“海关缴款书”）后如需申报抵扣或出口退税，应当登录增值税发票综合服务平台（以下简称“综合服务平台”）进行采集、勾选，具体操作步骤如下：
第一步：海关缴款书采集
有两种情况需要手动采集：
②取得一个缴款单位海关缴款在综合服务平台未能查询到相关电子信息或查询到的电子信息与实际情况不一致。
操作步骤如下：
1、纳税人登录综合服务平台后，进入“抵扣勾选”菜单下的“海关缴款书采集”模块：
2、手工录入海关缴款书信息
①点击 “手工录入” 按钮。
②输入海关缴款书信息后点击“提交”。
③显示录入成功后点击“确定”。
3、批量导入海关缴款书信息
①点击“批量导入”按钮。
②点击“模板下载”按钮，下载批量文件模板，在Excel文件中输入需要导入的缴款书信息后保存。
③点击“浏览”按钮选择之前准备好的清单文件（excel 2003格式的xls文件，建议文件大小不超过500k），再点击“打开”按钮，最后点击“上传”。
④显示上传成功后点击“确定”按钮。
4、海关缴款书查询
①海关缴款书采集界面根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击“查询”按钮，则在结果操作区显示符合查询条件的海关缴款书。
提示：若稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留的异常海关缴款书，请小伙伴们按照《国家税务总局关于增值税发票管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第33号）第三条处理。
②在显示缴款书的操作列，点击“查看明细信息”，可查看该缴款书明细信息，缴款书明细信息主要展示海关缴款书状态信息。
第二步：确认用途
一、用于申报抵扣
1、纳税人登录综合服务平台后，进入“抵扣勾选”菜单下“发票抵扣勾选”模块，发票类别选择“海关缴款书”，勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击“查询”按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的缴款书。
2、选择勾选的缴款书后，系统会将有效税额转变为可编辑状态，系统默认的有效税额为发票税额，用户可修改并输入实际发生的有效税额，输入的有效税额大于零但小于或等于发票税额，该张缴款书的剩余税额（税额-有效税额）则自动构成不抵扣，无需在“发票不抵扣勾选”界面勾选。
3、确认本次需要勾选的缴款书全部勾选完成后，点击“提交”按钮，弹出勾选认证信息对话框；
4、确认本次需要勾选的缴款书全部勾选完成后，点击“提交”按钮，弹出勾选认证信息对话框；
申报期内，对已勾选数据进行申请统计后，系统将自动锁定当期抵扣勾选操作；如需继续勾选发票，可在撤销统计成功后继续进行发票勾选或撤勾选操作；申报期内，申请统计完成后正式进行申报前，需在本平台对抵扣统计表进行签名确认操作(无盘操作期间除外）。
二、用于出口退税
1、纳税人登录综合服务平台后，进入“退税勾选”菜单下“发票退税勾选”模块，发票类别选择“海关缴款书”，勾选状态选择“未勾选”，根据需要输入或选择相关查询条件，然后点击“查询”按钮，则在勾选操作区显示符合查询条件的缴款书。
2、选择勾选的缴款书后，点击“提交”。
3、确认本次需要勾选的缴款书全部勾选完成后，点击“提交”按钮，弹出勾选认证信息对话框；
4、确认无误后点击“确定”按钮即可将本次勾选的操作进行保存处理，提交，完成海关缴款书退税勾选。
第三步：申报表填写
用于申报抵扣进项税额的海关缴款书，勾选确认签名之后就可以填写在《增值税纳税申报表附列资料二》第5栏“其中：海关进口增值税专用缴款书”
用于出口退税的海关缴款书，退税勾选确认后，填写在《增值税纳税申报表附列资料二》第30栏“其中：海关进口增值税专用缴款书”。
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