案例背景介绍
X公司和Y公司均为某市的国有企业，X公司为修建市民健身中心取得划拨用地A地块100亩，划拨价40万元/亩，预计项目投资3亿元；Y公司需在A地块地下修建交通枢纽和社会停车场，需占用土地60亩，预计项目投资8亿元。因该项目的开发必须由双方同时进行，X公司和Y公司根据当地政府提出的集约使用土地的原则签订合作框架，Y公司需按照100万元/亩向X公司支付补偿，后续如何签订协议以及如何合作开发由双方签订具体合作协议。
实务案例探讨
对于上述案例，我们分析有以下主要几种合作模式：
土地使用权转让，后续各自开发
该模式下，X公司收到Y公司支付的6000万元作为土地使用权转让价款入账，并向Y公司开具土地使用权转让发票，后续X公司和Y公司各自开发，各自核算。
1、双方税费测算
X公司
土地使用权转让涉及增值税及附加、土地增值税、企业所得税和印花税。
（1）增值税：
6000/(1 9%)*9%=495万元
（2）附加税费：
495*12%=59万元
（3）印花税：
6000/(1 9%)*0.05%=3万元
（4）土地增值税：
(6000/(1 9%)-(40*60 59 3))*50%-(40*60 59 3)*15%=1152万元
（5）企业所得税：
(6000/(1 9%)-(40*60 59 3 1152))*25%=473万元
X公司税费合计：495 59 3 1152 473=2182万元
Y公司
Y公司受让土地使用权，需交纳契税和印花税。
（1）契税：
6000/(1 9%)*3%=165万元
（2）印花税：
6000/(1 9%)*0.05%=3万元
Y公司税费合计：165 3=168万元
X公司和Y公司税费合计
2182 168=2350万元
2、该方案的优缺点
（1） 直接转让土地使用权，涉及税费较高，特别是土地增值税，适用50%的税率，增大了交易成本。
（2） 由于A地块为划拨用地，转让划拨用地土地使用权需经相关政府部门批准，同时也需确认是否需要补缴土地出让金。
（3） 土地使用权转让后，双方同时开发，各自核算，后期不存在权证分割以及交易税费，权属清晰，便于管理。
双方合作开发，分别确权
该方案的关键点则是需要达成合作建房的条件，该市土地增值税合作建房的执行口径有两大核心条件：一是存量土地变更为双方共有；二是项目竣工后各方分别初始确权。
司法中认定属于合建合同需要依法办理土地使用权变更登记手续（变更为合作方共有），后续开发联合报建。
但是，该案例中经我们了解，X公司的A地块不能变更为双方共有，且后续报建也只能以X公司名义报建。
理论和现实出现偏差，该如何解决？
我们查询了司法解释中对“合作建房”的定义：
参照上述司法解释，我们可先按合建项目建设完工后，再补办土地使用权变更登记手续，双方确权。
对于Y公司支付给X公司的6000万元资金，可作为开发项目投资额的组成部分，不作为收入确认。
1、双方税费测算
X公司
（1）增值税及附加
合建项目完工后，补办土地使用权变更登记手续，可以根据经济实质业务，按照转让土地使用权计算缴纳增值税及附加。X公司按照划拨价格计算增值税销项税额为40*60/(1 9%)*9%=198万元,因在开发建设过程中X公司会有足够多的进项税额可抵扣，故X公司应交增值税及附加为0万元。
（2）土地增值税
双方公司为非房地产开发企业，能补办土地使用权变更登记手续，需要按照土地使用权转让缴纳土地增值税，转让后各自修建房产并确权过程中不涉及土地增值税。
土地转让价格按照双方约定来确认，用于公共事业可以按照成本金额定价，故增值额为0万元，应交土地增值税为0万元。
（3）印花税
印花税按照土地使用权转让价格计算，40*60/(1 9%)*0.05%=1万元。
（4）企业所得税
可参考房地产开发企业合作建房的规定：
企业在首次分配开发产品时，如未结算计税成本，则将投资方的投资额视同销售收入进行相关的税务处理。
国税发【2009】31号文第五章
如Y公司取得房产的计税成本按照土地使用权取得成本2202万元（即40*60/1.09万元）和项目投资额8.6亿元（即8亿元 6000万元）进行确认，X公司取得房产按照土地划拨成本1468万元（即40*40/1.09万元）和项目投资额2.4亿元（即3亿元-6000万元）进行确认，X公司不涉及企业所得税。
（5）契税
根据财税[2000]14号和财税[2004]91号的规定，对Y公司取得X公司部分土地，属于土地使用权转移，Y公司应缴纳契税；对于单位合建并各自分得的房屋，不发生权属转移，不征收契税。但是上述两个文件已废止，新政策及执行口径尚未公布，后续需与税务机关提前沟通目前对于契税的执行口径。我们暂参考以前口径，则X公司无需缴纳契税。
X公司的税费合计共1万元
Y公司
根据合作建房的相关政策规定，Y公司只需缴纳土地使用权过户环节的契税和印花税。
（1）契税：
40*60/(1 9%)*3%=66万元
（2）印花税：
40*60/(1 9%)*0.05%=1万元
Y公司的税费合计：66 1=67万元
X公司和Y公司税费合计
1 67=68万元
2、该方案的优缺点
（1）在满足合作建房的条件下，该方案税费金额最小，大大节约了税负成本。
（2）该方案的形式和实质条件要求较严格，如土地产权需变为共有，报批报建文件也需体现双方名义，建成后需分别确权等，如不能完全满足上述条件，该方案存在后续被挑战的风险，故在实施前建议充分与税务机关沟通，主动去函确认合作建房模式的认可。
土地使用权重新划拨
如X公司与自然资源和规划局沟通，可以将A地块收回再分别重新划拨至X公司和Y公司， Y公司支付给X公司的6000万元作为X公司代付的土地划拨价款（40*60=2400万元）和工程延期补偿款（6000-2400=3600万元）（因X公司已取得A地块多年，但由于该项目需要与Y公司项目一起动工，故延期开发），则建成后X公司和Y公司分别确权。
1、双方税费测算
X公司
（1）增值税及附加
根据财税[2016]36号文规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为免征增值税， 企业因政府土地收储行为取得收入免征增值税。
故X公司按原价收到的2400万元土地划拨补偿款免征增值税。
X公司收到的延期开发补偿款不属于增值税应税范围，也无需缴纳增值税。
（2）土地增值税
因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税，故X公司无需缴纳土地增值税。
（3）印花税
不属于印花税征税范围。
（4）企业所得税
X公司按原价收到的土地划拨补偿款，未产生增值，无需缴纳企业所得税。
X公司收到的延期开发补偿款3600万元，应缴纳企业所得税。
3600*25%=900万元
X公司的税费合计共900万元
Y公司
Y公司取得划拨用地无需缴纳税费。
X公司和Y公司税费合计900万元
2、该方案的优缺点
（1）该方案下X公司不承担转让土地使用权的税费，税费金额较小，且不存在转让划拨用地补缴土地出让金的风险。
（2）双方各自确认土地使用权权属，避免了合作建房的复杂流程和管理成本。
（3）该方案需取得自然资源和规划局的配合，收回后重新划拨，存在一定的沟通难度。
其他方案
除了上述三个主要方案以外，根据X公司和Y公司的具体情况，我们还提供了其他多种操作方案，比如双方都无需办理产权的情况下，X公司将地块无偿提供给Y公司使用，X公司收到的6000万元可作为延期补偿款，或者作为代收的项目投资款。在每个大的方案下，也可有细微调整，不同条件涉及的税费也是不一样的，我们在此不一一列举。
总结
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