一是简化预算编制，将预算科目从9个以上精简为3个。将设备费等预算调剂权全部下放给项目承担单位。对基础研究类和人才类项目推行经费包干制。
二是加大科研人员激励，提高科研项目间接费用比例，科研项目经费中用于“人”的费用可达50%以上。对数学等纯理论基础研究项目，间接费用比例可提高到60%。科研单位可将间接费用全部用于绩效支出。扩大劳务费开支范围，由单位缴纳的项目聘用人员社保补助、住房公积金等纳入劳务费列支。科技成果转化现金奖励不受所在单位绩效工资总量限制，不作为核定下一年度绩效工资基数。
三是加快项目经费拨付进度，项目任务书签订后30日内，要将经费拨付至承担单位。项目完成后，结余资金留归承担单位使用，用于科研直接支出。从科研经费中列支的国际合作与交流费用不纳入“三公”经费范围。
四是创新财政科研经费支持方式。按照国家确定的重点和范围，由领衔科学家自主确定研究课题、科研团队和经费使用。支持新型研发机构实行“预算 负面清单”管理模式，除特殊规定外，财政资金支持产生的科技成果及知识产权由新型研发机构依法取得、自主决定转化及推广应用。
五是科研项目由相关方面配备科研财务助理，提供预算编制、报销等专业化服务，减轻科研人员事务性负担。相关人力成本费用可通过项目经费等渠道解决。
六是改进科研经费监管。加强事中事后监管，依法依规开展审计监督。会议要求，各相关方面要狠抓上述措施落实，国办加强督查。
上述六方面中简化预算编制、加大科研人员激励、加快项目经费拨付进度、配备科研财务助理等方面进一步延续并深化了2016年由两办印发的《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》（以下简称《意见》）的相关措施。
《意见》中曾提出简化预算编制，包括“将直接费用中的材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版／文献／信息传播／知识产权事务费及其他支出预算调剂权下放给项目承担单位”等方面，
一位科研人员对经济观察网表示，在《意见》出后，国基金项目预算编制已经较为简洁，但一些部委的重点研发计划的编制依然较为琐碎，经费审计也更为严格。
此次国常会措施中则进一步提出“将预算科目从9个以上精简为3个，将设备费等预算调剂权全部下放给项目承担单位”。上述科研人员对经济观察网表示，以前设备费以前不允许调增，但可以调减，按照此次国常会的措施，设备费用的增减均可调整。
《意见》中规定中央财政科技计划（专项、基金等）中实行公开竞争方式的研发类项目，均要设立间接费用，核定比例可以提高到不超过直接费用扣除设备购置费的一定比例：500万元以下的部分为20%，500万元至1000万元的部分为15%，1000万元以上的部分为13%。加大对科研人员的激励力度，取消绩效支出比例限制。
按上述科研人员介绍，《意见》出台后，科研人员的绩效提升至间接经费的15%左右，劳务费用则维持在20%左右，总体占间接经费的35%左右。
2018年7月由国务院印发的《关于优化科研管理提升科研绩效若干措施的通知》中提出对试验设备依赖程度低和实验材料耗费少的基础研究、软件开发、集成电路设计等智力密集型项目，提高间接经费比例，500万元以下的部分为不超过30%，500万元至1000万元的部分为不超过25%，1000万元以上的部分为不超过20%。对数学等纯理论基础研究项目，可进一步根据实际情况适当调整间接经费比例。间接经费的使用应向创新绩效突出的团队和个人倾斜。
此次国常会措施则进一步提高科研项目间接费用比例，科研项目经费中用于“人”的费用可达50%以上。对数学等纯理论基础研究项目，间接费用比例可提高到60%。科研单位可将间接费用全部用于绩效支出。
此外，在劳务费方面，《意见》将项目聘用人员的社会保险补助纳入劳务费科目列支，而此次国常会则进一步将住房公积金也纳入其中。
