纳税申报表及其附表，是纷纭复杂的税收政策与税收实务操作的纽带，是纳税人正确申报纳税的重要工具，也是税务机关掌握纳税人纳税信息的重要载体，所以这些报表在设计上的科学性和逻辑性，就显得尤为重要，这也是有关方面专家研究的重要课题。
目前我国土地增值税清算时所使用的纳税申报表主表，主要是《国家税务总局关于修订土地增值税纳税申报表的通知》(税总函[2016]309号)所规定的修订版纳税申报表主表，但相关的附表，仍然是沿用了《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(国税发[2009]91号)规定的附表，该文件同时提供了两套附表(以下简称“一套附表”、“二套附表”)的参考表样，各地的地税机关可以根据各自的实际情况作出选择，也可以作出必要的修改。
“一套附表”属于简要式的，主要是简要的按年度反映开发成本二级科目的数据;而“二套附表”则属于详细式的，不仅反映了土地增值税清算时的收入、面积、成本分摊、扣除情况，还能反映开发成本三级科目的详细数据。《吉林省地方税务局关于发布<房地产开发企业土地增值税清算管理办法[试行]>的公告》(吉林省地方税务局公告2014年第1号)则是选择了第二套附表作为纳税人正式申报的附表。
在土地增值税清算实务中，依据自己多年的实际工作经验，发现这些纳税申报表的附表，存在着很多瑕疵，很难达到比较科学的全面的反映纳税人土地增值税清算中开发成本的相关信息，甚至引发不必要的纳税争议，下面将做出简要的分析说明。
一、通用格式附表现状及改良对策
本文所称的通用格式附表，是指在反映取得土地使用权所支付的金额、土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等方面数据时所使用的具有相同或类似格式的附表。
1、通用格式附表现状
“一套附表”格式：
“二套附表”格式：
“一套附表”中，“项目”栏可反映开发成本三级科目，“年度”栏反映各年度开发成本对应的账面数据，“申报合计数”反映各年度账面数据合计，“审定合计数”反映经调整后的“申报合计数”。
“二套附表”中，栏目的名称本身就存在理解上的差异。
“项目”栏仍然是反映开发成本三级科目，“有效凭证金额”栏，应该是反映符合税收规定凭证的对应数据，“本次扣除金额”反应本次土地增值税清算时可扣除的金额，而“本次未扣除金额”反应的是本次土地增值税清算时未能扣除的金额。
从“本次”一词来看，似乎还可能有“下次”，但事实上税法是不允许有“二次清算”的，即不会有“下次”了。“本次未扣除金额”包含的内容也很多，可能包括未销售部分的，也可能包括凭证不符合税收规定而无法扣除的，还可能包括在不同清算项目间进行调整的。“有效凭证”一词也是很模糊的，比如会计调整分录所附的凭证，都是自制的，算不算“有效”?
2、实务中普遍存在的问题
例如，开发成本二级科目前期工程费下，有一笔一万元的会计调整，是从基础设施费科目中调整过来的，凭证是纳税人自制的一个说明性材料，有合法发票，粘贴在原基础设施费里，该成本应该可以扣除，但自制凭证不见得有效，是否可以填入“有效凭证金额”对应的“总计”栏中?
例如，开发成本二级科目前期工程费账面金额合计一百万，其中有十万未取得合规票据。假如土地增值税清算时，开发产品已百分之百销售完毕，则有效金额总计九十万，本次扣除金额为九十万，本次未扣除金额为十万，但如果开发产品已销售百分之九十时，本次未扣除金额就应该是不合规票据产生的十万加上未销售而无法扣除的金额，这个合计金额则是税务机关无法分清具体内容的。又因为“二套附表”反映的都是有效凭证的金额，而不能反映账面金额，所以造成税务机关无法通过“查账”来核对企业纳税调整的准确性。
3、改良对策
通用格式附表，首先要反映纳税人账面金额，其次要反映土地增值税清算时做了哪些调整。该调整可能是未通过做会计分录而直接调整的数据，也可能是因为未取得合法有效票据的税收调整，经调整后的金额，才是清算时应扣除的总金额。该金额分成两类，一类是清算时已扣除的金额，一类是清算时未扣除的金额，在纳税人百分之百完成销售的情况下，未扣除金额为零。
改良后的通用格式附表如下：
二、特殊格式附表现状及改良对策
特殊格式附表，指的是除通用格式附表以外的其他附表。本文仅探讨“二套附表”中《扣除项目及成本结转明细申报表》(以下简称“成本结转表”)。
“成本结转表”是“二套附表”中比较复杂的报表，存在着一定的(或者说设计该表时“指定的”)逻辑关系，但笔者对这种逻辑关系存在的必要性，表示怀疑。
这个附表的问题有两处：
一处是它已明确规定了按可售面积法分摊开发成本。比如第5列的逻辑运算，虽然表格没有明确标出“5=4÷2”，但文字已清楚表述了该列应填写“已售面积占总可售面积”数据。但国家税务总局从未规定过土地增值税清算都要按照可售面积法分摊开发成本，而是把这个确定分摊方法的权利下放给了地方税务机关。
《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(国税发[2009]91号)第二十一条第五项规定：纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。这个文件强调的是分摊方法的“合理性”，却并未明确选用什么方法，以致很多地方的税务机关都规定了自己的分摊方法。
例如，《福州市地方税务局关于房地产开发企业土地增值税若干政策问题的通知》(榕地税发〔2008〕108号)规定了层高系数法，《关于明确在房地产开发企业土地增值税清算中如何计算未售营业用房及车库应分摊成本的通知》(通地税函〔2008〕100号)规定了售价系数法，等等。当纳税人未采用可售面积法时，成本结转表的填写将不具有逻辑性，并可能因此引起税企间的争议。
另一处是该表把销售成本与账面已结转成本做了比较。我们认为这种比较是无意义的。由于该表并未明确是否允许比较后存在差异，所以该表甚至可能引起税企间极大的争议。
首先来说，销售成本是土地增值税清算时用一定方法算出来的，比如可售面积法，而纳税人账面已结转成本，是纳税人根据会计方面的制度做出的，或者是依据《国家税务总局关于印发<房地产开发经营业务企业所得税处理办法>的通知》(国税发[2009]31号)文件规定确定的，也就是说，几乎二者不可能完全一致。
另外，这个账面成本，也是未经会计调整和税收调整的“未审定”数据，而该表的“总成本费用”，则是经过会计调整和税收调整的“已审定”数据，把两个口径完全不同的数据放到一起比较，并填写比较差异，除了增加纳税人工作量外，究竟有何意义?
所以，我们建议应将该表从附表中删除为是。
三、“与转让房地产有关的税金”引发的思考
两套附表都要求填报“与转让房地产有关的税金”，而且都要求填写应纳数据和实际缴纳数据。以下观点，不是附表的问题，而是相关法规的问题，但由于附表是税法的反映，所以一道在本文中加以论述。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第七条第五项规定：与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税，因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。这里明确了税金是“在转让房地产时缴纳的”，而未明确是“应纳税金”还是“实际已纳税金”。
《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》(国家税务总局公告2016年第70号)，第三条关于与转让房地产有关的税金扣除问题，第(二)项规定，营改增后，房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税(以下简称“城建税”)、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。凡不能按清算项目准确计算的，则按该清算项目预缴增值税时实际缴纳的城建税、教育费附加扣除。这个文件明确了与转让房地产有关的税金的扣除金额，必须是“实际缴纳”的税金，而不是应纳的税金。
本文定义的应纳税金，是指按照税法规定的税率或征收比率，以不含增值税销售收入为税基计算的税金，实际缴纳的税金，是纳税人已经缴纳并取得完税凭证的税金。实际缴纳的税金可能大于、等于、小于应纳税金。
实际缴纳的税金，在错误计算或错误申报等情况下有可能大于应纳税金，这种情况下，由于纳税人发现后会要求退税，那么土地增值税清算时如果发现该种情况，还能扣除吗?
由于种种原因，可能实际缴纳的税金要小于应纳税金，但在土地增值税清算后会缴纳，那这部分应交未交的税金(包括纳税人计算错误，包括土地增值税清算时被税务机关发现、被中介机构发现等情况)，是不是就不能税前扣除了?
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第八条规定：在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
这条规定的一个前提假设就是土地增值税清算时，纳税人该扣除的成本费用都已扣除了，清算以后再发生的成本费用，就不能再扣了。所以在清算时点发现的应交未交的税金，清算后还是要缴纳的，如果清算时不能扣除，清算后岂不是白交了?
所以，应该明确土地增值税清算时可扣除的税金，是指应纳税金，而不是实际缴纳的税金，至于实际缴纳的税金与应纳税金不一致的情况，可采用多退少补的规定对待。
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