《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税[2018]32号）第一条至第三条规定，纳税人发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用17%和11%税率的，税率分别调整为16%、10%。纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%。纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额。
因此，你公司从小规模纳税人企业购进小麦并取得对方开具的增值税专用发票，可以按照10%的扣除率计算抵扣进项税额。
《国家税务总局关于调整增值税纳税申报有关事项的公告》（国家税务总局公告2017年第19号）附件3《关于<增值税纳税申报表（一般纳税人适用）>及其附列资料填写说明的调整事项》第二条第（三）项关于《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）填写说明调整事项规定，第（二）项第6点修改为：第6栏“农产品收购发票或者销售发票”：反映纳税人本期购进农业生产者自产农产品取得（开具）的农产品销售发票或收购发票及从小规模纳税人处购进农产品时取得增值税专用发票情况。部分表单如下所示：
因此，你公司从小规模纳税人企业购进小麦加工成面粉并取得增值税专用发票，在申报缴纳增值税时，按照10%的扣除率计算抵扣的进项税额应在增值税申报表附列资料（二）第6栏填列此数据。
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