首先从税率上来比较，不管是个人独资企业核定征收还是自然人代开的核定征收面临的税种都是个人经营所得税、增值税、附加税三大税种，除去这些税种外是没有企业税种的，也是由于没有企业所得税所以被企业常用于解决企业所得税成本问题，税率的比较主要还是看个人经营所得税的税率基础，毕竟增值税与附加税税率都是一样的都是属于小规模税率，自然人代开个税核定下来是会比个人独资企业个税低一些的，自然人代开个税核定税率为0.39%，个人独资企业的个税核定为0.6%，虽然相差不大但是还是有所差异的，从税率上来看自然人代开更胜一筹。
然后就是从性质来看，自然人代开属于个人形式的发票个人独资企业属于企业形式的发票，由此可以看出个人独资企业在这一方面是比自然人代开要好一些的，毕竟企业不能够接受太多的个人形式的发票是共识。
最后就是政策问题了，个人独资企业会有相应的纸质《核定征收通知书》给予企业，电子税务局系统也是会显示核定征收，自然人代开是没有注销东西的，但是自然人代开的话是不会面临汇算清缴的，毕竟个税为经营所得税，而且每一张发票都有对应的完税凭证出具，所以在这一方面的差不多的。
最后就是个人独资企业会面临注册注销问题以及后期的一个企业维护，而自然人代开就没有注销担心了，简单说自然人代开就是一锤子买卖，税务出票就完成了。
个人独资企业综合税率1.66%（包含增值税1%、附加税6%、个税0.6%）
自然人代开综合税率1.45%（包含核定个税0.39%、增值税小规模1%、附加税小规模减半征收6%）
从以上可以看出不管是自然人代开还是个人独资企业的核定征收都有自己的优缺点，这里的建议就是如果企业需要解决的票量为300万自然人代开最方便快捷，如果是300万以上还是建议使用个人独资企业核定征收解决。
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