根据《财政部税务总局人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号）规定，法律、行政法规规定的代扣代缴税款，税务机关按不超过代扣税款的2%支付手续费，且支付给单个扣缴义务人年度最高限额70万元，超过限额部分不予支付。对于法律、行政法规明确规定手续费比例的，按照规定比例执行。
例：甲企业（一般纳税人）申请并收到税务局返还的个人所得税手续费10000元应如何纳税呢：
一、增值税及附加三税
由于甲企业支付了员工工资，所以甲企业是个人所得税的扣缴义务人，取得的手续费属于增值税征收范围，应按商务辅助服务-经纪代理服务征收增值税（6%）。
应缴纳增值税=10000/（1 6%）*6%=566.04元
附加三税=566.04*（7% 3% 2%）=67.92元
二、企业所得税
1、 甲企业取得手续费收入与日常活动相关，需要申报收入10000/（1 6%）=9433.96元，甲企业将手续费收入用于提升办税能力、奖励办税人员，需支付工资费用为9433.96-67.92=9366.04元，支付的税金及附加67.92元，那么应纳税所得额等于零，应缴纳的企业所得税为零。
2、如果不奖励办税人员或者也没有其他支出（这个支出在汇算清缴中不需纳税调增）就需要交纳企业所得税。
三、个人所得税
甲企业 将取得的扣缴手续费收入奖励给员工应作为工资支出，根据个人所得税法规定：免个人所得税，在个税申报中作为免税收入处理。那么员工收到奖励费用9366.04元，应缴纳的个人所得税是零。
四、会计核算
1、收到时
借：银行存款 10000
贷：其他收益 9433.96
应交税费---应交增值税（销项税额）566.04
2、计提附加三税
借：税金及附加 67.92
贷：应交税费-----城市维护建设税 39.62
------教育费附加 16.98
------地方教育费附加 11.32
3、 财务计算工资并申报个税 （作为免税工资收入处理）
借：管理费用 9366.04
贷：应付职工薪酬 9366.04
借：应付职工薪酬 9366.04
贷： 其他应付款 9366.04
4、公司批准实际支付时：
借：其他应付款9366.04
贷： 银行存款 9366.04
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