《办法》要求，学校和教育行政部门应当将学生健康体检结果纳入学校档案管理内容，建立落实学生健康体检资料台账管理制度，有条件的地区可以建立电子化健康档案；根据学生健康体检结果和健康体检机构给出的健康指导建议，研究制定促进学生健康的措施，有针对性地开展促进学生健康的相关工作。
此外，教育行政部门应当对出现健康问题的学生建立档案并随访。重点围绕超重、肥胖、营养不良、脊柱弯曲异常、视力不良、龋齿等健康问题开展工作。
《办法》的制定旨在全面掌握青少年儿童生长发育状况、促进青少年儿童健康发展。《办法》共分为8个部分，分别对健康体检的组织管理、基本要求、体检内容、结果反馈与健康档案管理、机构资质、质量控制与感染管理、信息管理与安全、经费管理进行了明确。
与修订前相比，《办法》明确了行政部门、中小学校和开展健康体检服务的医疗卫生机构（以下简称健康体检机构）的具体职责，并对健康体检机构的机构条件、人员要求、场所设置、仪器设备等进行了细化完善，还增加了质量控制与感染管理、信息管理与安全等方面的内容。
《办法》将健康体检分为基本项目和可选项目两部分。其中，基础项目包括形态指标检查（身高、体重、腰围、臀围），内科检查（心、肺、肝、脾，血压，肺活量），外科检查（头部、颈部、胸部、脊柱、四肢、皮肤、淋巴结），耳鼻喉科检查（听力、外耳道与鼓膜、外鼻、嗅觉、扁桃体），眼科检查（眼外观、远视力、屈光度），口腔科检查（牙齿、牙周），实验室检查（血常规、丙氨酸氨基转移酶、结核分枝杆菌感染检测）。
可选择项目包括：眼位、色觉、外生殖器、胆红素等。各地卫生健康行政部门应当会同当地教育行政部门根据实际情况，在保障基本项目的基础上，适当增加其他可选择项目，制定本辖区内中小学生健康体检项目目录。
