给予经营贡献奖励。自认定年度起，按其年度企业所得税和增值税地方留成部分给予连续十年经营贡献奖励。其中，总部企业前五年5000万元以内部分奖励比例70%，5000万元以上部分奖励比例80%；后五年奖励比例分别减半。成长型企业前五年1000万元以内部分奖励比例60%，1000万元以上部分奖励比例70%；后五年奖励比例分别减半。
鼓励企业能级提升。对企业年度所得税和增值税地方留成首次达到5000万元的，一次性奖励500万元，年度所得税和增值税地方留成首次达到1亿元的，一次性奖励1000万元。同一企业累计最高可享受奖励金额不超过1000万元。
对品牌升级也有奖励。总部企业、成长型企业自认定当年起，首次被评定为中国服务业企业500强（中国企业家协会）或民营企业500强（全国工商联）的，给予300万元的一次性奖励；首次被评定为中国企业500强（中国企业家协会）的，给予500万元的一次性奖励；首次被评定为世界企业500强（《财富》）的，给予2000万元的一次性奖励。
此外还有产业链引进奖励。总部企业、成长型企业引进其投资占股5%（含）以上，但未达到合并计税条件的企业落户厦门市，按引进企业缴纳的企业所得税、增值税地方留成给予6%奖励，不超过引进企业享受扶持政策后当年度所得税、增值税地方留成，奖励期5年。
2支持总部企业团队建设
城市发展，取决于人才的竞争，尤其是对高端人才和年轻人的吸引力。《意见》加力支持总部企业团队建设，将加强骨干员工供给和培养。鼓励企业大力引进“双一流”大学毕业生，与国内外知名高校、在厦高校开展密切合作，积极培养高素质骨干员工。
鼓励总部企业、成长型企业与境内外优质教育机构合作开展员工培训和继续教育，按培养费用和实训（实习）基地建设费用的一定比例给予资助。支持能力强、产学研结合成效显著的研发中心等功能型总部企业设立博士后科研工作站，积极招收博士后科研人员。
同时，《意见》对于骨干员工给予个税补贴。认定年度起，总部企业、成长型企业（包括合并计税的企业）年个人所得税缴纳达到4万元（含）以上的员工，可按缴纳个人所得税地方留成部分的一定比例给予补贴。
其中，年个人所得税缴纳达到8万元（含）以上的员工，8万元（含）以内的部分奖励比例50%，8万元（不含）至25万元（含）的部分奖励比例75%，25万元（不含）以上的部分奖励比例100%。
按年个人所得税缴纳4万元（含）以上、8万元(不含)以下员工数的35%确定名额，在名额内由企业自主确定对企业生产经营做出突出贡献的人员名单，对名单内的员工，按缴纳个人所得税地方留成部分的50%给予奖励。
符合条件的相关人员领取补贴时必须仍为该总部企业或成长型企业的在职员工，补贴期限不超过5年。
此外，《意见》对总部企业、成长型企业的骨干员工给予住房保障和子女教育支持，同时对总部企业员工给予出入境便利化服务。
3保障总部企业空间载体
加快总部集聚区建设。加快规划建设总部经济载体，进一步完善集聚区配套设施，形成岛内岛外联动、产业功能突出、环境生态优美、总部效应明显的总部经济发展空间格局。
支持总部企业、成长型企业租用、购买自用办公用房。总部企业、成长型企业租用自用办公用房的，连续3年给予租金补助，第1年补助年度租金的30%，第2年补助年度租金的20%，第3年补助年度租金的10%，补助金额累计不超过600万元。
购买自用办公用房的，按购房房价的5%给予补助，分5年支付，每年支付20%，累计补助金额不超过1000万元。
购买自用办公用房的，所购办公用房的前3年土地使用税和房产税全额奖励，并为企业符合条件的骨干员工配售一定数量的保障性商品房。
支持符合条件的企业单独或联合（不包含房地产开发企业，不超过2家）申请总部用地建设办公用房。
4优化金融资本环境
《意见》着力优化金融资本环境。支持总部企业在厦布局金融业务板块，对申请小额贷款公司、融资性担保公司、融资租赁公司、商业保理公司等各类地方金融牌照予以支持。
同时，支持金融机构在账户开立、结算服务、融资业务、高级管理人员服务等方面提供一揽子金融服务。对获得能级提升奖励和品牌升级奖励的总部企业，享受奖励的当年度年末流动资金贷款余额比上一年度年末增加的，可对其当年度新增的流动资金银行贷款利息给予30%补贴，单个企业贴息不超过300万元。
总部企业或成长型企事业具体认定条件
在厦门市办理商事登记、实行统一结算并在厦门市缴纳所得税，设立后三个日历年度内达到以下认定条件的法人商事主体和合伙企业分别认定为总部企业或成长型企业。
