2003年，党的十六届三中全会决定建立预算绩效评价体系，我国对预算绩效管理的探索也自此开始。
2013年，《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》对政府绩效管理的顶层设计进行了完善，提出要创新绩效考核机制。
2015年新预算法首次将预算绩效管理以法律形式确立，预算绩效管理架构基本建立。财政部也陆续出台了《关于推进预算绩效管理的指导意见》《中央对地方专项转移支付绩效目标管理暂行办法》等一系列文件，制定了评估规范、绩效评估办法，并开始推进各项专项转移支付资金的绩效自评等工作，逐步推动预算绩效管理。
2017年，党的十九大报告中提出要“建立全面规范透明、标准科学、约束有力的预算制度，全面实施绩效管理”；2018年9月，中共中央、国务院正式印发《关于全面实施预算绩效管理的意见》（简称《意见》），明确提出要建立全方位、全过程、全覆盖的预算绩效管理体系，并对原则、做法等方面提出了科学、合理的意见。自此，我国政府预算绩效管理工作全面铺开。
我国对财政资金绩效审计的探索也基本与此同步。2002年，深圳市审计局对卫生医疗设备采购及大型医疗设备使用和管理情况开展了绩效审计，开启了我国绩效审计实践的第一步。此后，各地纷纷开始探索绩效审计，在企业绩效、环境绩效等领域均进行了审计实践探索，并逐步扩展延伸到财政专项资金领域。随着预算绩效管理的全面实施，财政资金绩效审计逐步迈入新阶段。
财政资金绩效审计存在的问题
近年来，财政资金绩效审计取得了长足发展。从各地的审计结果公告看，2016至2018年，涉及财政资金绩效问题的省、直辖市和计划单列市从14个增长到27个。审计对财政资金绩效的关注度不断提高，绩效审计的实践不断丰富，但总体来看还存在一些不足。
一是内容较为单薄。目前各省财政资金绩效审计主要反映资金下达不及时、资金长期闲置、项目完成后效益不佳等问题，未能全面反映按规财政资金的经济性、效率性和效果性，绩效审计的内容和内涵有待拓宽。
二是范围不广。目前各省财政资金绩效审计主要针对单个专项资金，特别是针对要求设立绩效评价目标的专项转移支付资金，审计范围较窄，对财政资金使用整体绩效的审查情况也未全面反映。
三是绩效审计结果运用不佳。财政资金绩效审计结果没有得到充分利用，部分地区仍然存在项目绩效不高但仍安排财政资金的情况。
开展财政资金绩效审计的目标
《意见》对如何全面实施审计预算绩效管理提出了新要求。按照党中央、国务院的新要求，梳理开展财政资金绩效审计的目标，丰富完善财政资金绩效审计的内容，是国家审计应关注的重点。开展财政资金绩效审计，不应仅是简单揭示财政资金管理上的问题，更要从深层次查找体制机制上的不足，以促进提高财政管理水平，助推全面实施预算绩效管理。
（一职责）以财政资金绩效审计促进提高财政管理水平
一是促进财政资金合理分配，提高财政资金使用效率。开展财政资金 绩效审计，要透过财政资金闲置、低效的现象，揭示分配、管理方面的问题，以促进财政资金分配合理、使用高效。
二是促进提高公共服务供给质量。要通过对资金配套的政策落实和项目跟踪检查，推动项目建设和政策执行发挥效益，提高政府部门公共产品供给的质量，增强人民群众的获得感和满足感。
三是加强对公权力的监督制约，促进增强政府公信力。政府部门对财政资金的安排和使用与人民生活息息相关，体现了其公信力，通过财政资金绩效审计，能够监督和制约公权力，促进政府增强公信力。
（二）以财政资金绩效审计促进全面实施预算绩效管理
一是通过对政府预算财政资金、政府部门和单位财政资金以及对实施政策和项目的财政资金进行绩效审计，实现全方位财政资金绩效审计。
二是通过将财政资金绩效审计贯穿政策和项目实施的事前、事中和事后，实现全过程财政资金绩效审计。
三是将一般公共预算和其他政府预算的财政资金全部纳入审计范围，实现财政资金绩效审计全覆盖。通过推动和开展财政资金绩效审计，发现并揭示问题，提出完善机制制度的政策建议，以推动全面实施预算绩效管理。
开展财政资金绩效审计的进行主要内容
（一）实施全方位、全覆盖的财政资金绩效审计，扩展审计范围
一是实施全方位的财政资金绩效审主要计。推动和开展财政资金绩效审计，应提高站位，着眼全局，树立大局观念，关注政府预算、部门和单位及政策和项目的整体绩效。以财政资金使用为主线，以政策和项目为抓手，以政府预算、部门和单位为主体，统筹考虑财政资金的分配、管理、使用和效益，从整体角度考虑财政资金的使用绩效。
一方面，结合财政资金分配的方式方法以及被分配单位和项目的实际，查看财政资金分配是否结合部门、单位和经济发展实际，是否有重点，是否符合党和国家的政策导向，统筹考虑财政资金的分配是否科学合理高效。
另一方面，结合财政资金的管理成本、使用情况以及管理效率，查看财政资金是闲置浪费还是高效运行，统筹考虑财政资金的管理是否科学高效。另外，要结合财政资金使用的经济效益、社会内容效益、政策和项目的实施效果以及人民群众的获得感和满足感，统筹考虑财政资金的使用效益情况。
二是实施全覆盖的财政资金绩效审计。应贯彻落实审计全覆盖的要求，将财政资金绩效审计的范围扩展到全口径预算。
一方面，要关注一般公共预算资金的支出绩效，关注转移支付资金是否实现了其促进区域协调发展的政策目标，关注政策和项目实施的效果，将一般公共预算支出涉及的政府投资基金等纳入审计范围，将政府债务支出特别是新增债券的支出绩效纳入审计范围。
另一方面，要关注政府性基金预算是否科学、合理、有效。如土地出让金收支是否真实，是否实现了高效，是否落实了政策要求 ；关注专项债券的发行与政府性基金预算的收支是否相匹配，关注专项债券的支出绩效。此的外，也要关注国有资定的本经营预算和社会保险基金预算的绩效情况。
（二）实施全过程的财政资金绩效审计，丰富审计内容
一是关注事前绩效评估机制。以事前绩效评估为财政资金绩效审计的起点，审核政策和项目的事前绩效评估机制是否开展，对开展的绩效评估机制进行实质性审查，从绩效目标是否具备经济性、是否合理、是否服从大局等多个角度，关注项目事前绩效评估机制是否科学合理。
二是关注绩效目标管理情况。从现有财政资金绩效管理模式看，一般由财政部门对政策和项目资金设立绩效目标并开展自评，审计部门也应对其绩效目标管理情况和绩效自评情况进行审查。一方面，从绩效目标设置的整体性和全面性出发，通过审核部门和单位关于政策和项目的绩效目标设定情况，关注是否全面整体设定绩效目标。另一方面，从绩效目标设置的科学性和合理性出发，通过审核绩效目标实现的方式方法是否可行、绩效评价指标设定是否明确清晰、绩效评价指标是否紧密结合实际、绩效目标是否兼顾经济效益和社会效益、绩效评价指标是否符合政策要求等，关注绩效目标设置是否科学合理。
随着经济社会发展和全面深化改革的不断推进，对财政资金绩效审计的要求也在不断提高。《国务院绩效关于2019年度中央预算执行和其他财政收支的审计工作报告》指出，预算绩效管理精细化程度还需提高，在绩效目标设定、绩效评价、绩效信息公开等方面仍存在不少问题，并提出要全面实施预算绩效管理，健全项目支出标准和绩效评价制度的建议。这体现了审计在推进全面预算绩效管理中发挥的作用，也反映了当前我国预算绩效管理体系建设仍然存在不足。
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