一、选择不同的诉讼方式，则被诉主体的可选择性和可诉性存在显著差异

首先，对于行政协议纠纷案件，在民事诉讼框架下，因为《民法典》扩充了民事诉讼主体范围，故基本上是以行政协议的签字及盖章单位为被告主体。

当然，如存在行政单位的事前委托和事后追认等情形，则基于民事委托授权规定，除受托者外，委托单位作为委托者亦有被同时列为被告的可能性。此时，原告有选择被诉主体的权利；另，对于无独立资金无相关职能的非机关法人，还应参考行政法原则确定被告主体。

在行政诉讼规则下，大体与民事诉讼的被告主体情况相似，但区别在于，行政单位往往选择指挥部、办公室等内设机关或临时设立机构为合同签订主体，其办公人员也属于临时抽调人员，办公场所或借用其他行政部门办公场地，导致被告主体难以识别。

此时，基于行政授权、法定授权等规定，结合行政部门披露的机构职责，来确认其权责划分，进而确定适格被告。且当被告主体并非一个时，法院的级别管辖也可能会发生一定变化。

当然，原告除上述法律层面考虑之外，如认为存在地方保护主义，也可能有意的选择申请提级审理或者异地审理，而从维护地方关系出发，则可能选择只诉政府部门或列政府为第三人等方案。

而一旦诉讼主体选择错误，其法律后果系裁定驳回起诉。

二、在选定行政诉讼的前提下，重在审查被诉主体是否具有相应法定职责

鉴于一项行政协议背后的政策落实往往涉及诸多部门、人员的合力，故此种形式政府更倾向于办公室、领导小组、委员会、指挥部等非行政部门的内设机构或临时性机构名义签订协议，但实际签字、盖章者并非前述机构，而是以某个分管工作人员所在的政府部门或选择某一非直接相关部门代为签字盖章，此种情况较为复杂。

有时，属于一块牌子一套人马；有时是两块牌子，人马重叠；也不排除无直接关系部门的代为签章。此种代签行为，行成了一定的权责不一、权责混乱，并存在代为签章者在行政诉讼中以自身不具有行政协议所涉职责为由提出被告主体不适格的抗辩可能性，将造成一定的追责障碍。

此时，需要重点审查行政部门依法披露的自身职责，而只要其职责有与行政协议所涉约定事项中的被诉行政单位义务有交集，则应认定其具有相应法定职责，系本案适格被告。

三、即便被诉主体诉讼主体适格，并不等于其在诉讼中有权签订调解协议，或有能力保证调解协议的最终落实

以解决争议为导向，如在行政诉讼中达成调解协议，既能规避诉讼风险，也能节省时间成本，如条件合理，也是原告可选策略之一。而此种方案的适用前提，应是相对方对调解协议的签订和履行具有相应的合法权限。

不同于一般的民商事纠纷，行政协议纠纷的调解协议内容因所涉事项与政策有关或与公共利益相关，有可能涉及上级单位审批、税务核查、监察、审计监督等，并非被诉行政单位一家可言定。因此，对于预先需审批、审计监督的事项，应以行政协议事项预先取得在先前置行政审查批准手续为前提条件。否则，只顾眼前利益，草率达成调解协议的，难免落得最终无法实际落实的尴尬后果。

原告选定被诉主体时，应当审查其是否具行政协议约定事项所涉行政单位义务的法定职责；在后续如涉及到调解事宜，则应重点审查其就所涉调解协议内容是否有权签订调解协议，是否需经人民政府或主管部门审批程序。否则，此种调解协议极易因权限问题而沦为一纸空文。