首先我们看一下税法的相关规定。根据财税〔2016〕36号规定：“第二十七条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（二）非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
第二十八条 非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。”
因此可以知道，非正常损失税法是不允许抵扣的。那么为什么非正常损失不能抵扣进项税呢，这还得从增值税抵扣链条来说明。现行我们增值税一般计税方法采取购进抵扣法，进项税额的抵扣是以购进的产品能够参与增值过程并产生销项税额为基础的。
我们的日常生产过程中，总有些损耗是无法避免的，比如下脚料、残次品什么的，这可以看成是生产增值过程中必不可少的一个环节，所以相应的进项税是可以抵扣的。
但是有些非正常的损失，不是生产过程中必须的，是纳税人自身的原因造成的。这部分的损耗就没有产生增值，所以相应的进项税就不能继续抵扣了。我们也可以理解为这部分的商品的最终价值是在本环节最终实现了，此时纳税人就是负税人，相应的进项税就不再可以抵扣了。
按税法规定,非正常损失部分货物的进项税额不得从销项税额中抵扣,在会计处理上，应作转出处理，一般的会计分录是：
借:待处理财产损溢
贷:应交税费--应交增值税(进项税额转出)
待查明原因后
借：营业外支出--非正常损失
贷：待处理财产损益将
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