《实施细则》要求，省生态环境厅负责全省排污许可的综合协调和管理，落实国家排污许可制改革要求，健全排污许可制度；州（市）生态环境局负责本行政区域内的排污许可监督管理，负责排污许可的审批及事中事后监管，同时负责制定固定污染源排污许可监督管理责任云南省清单；工商行政州（市）人民政府其他有关部门按照固定污染源排污许可监督管理责任清单，履行监督管理职责；州（市）工商行政生态环境局派出机构许可在州（市）生态环境局授权范围内依法承担排污许可事中、事后监督检查，具体落实相关监督检查职责。
在申请与审批环节，《实施细则》要求，实行排污许可重点管理的排污单位在提出排污许可证首次申请或者重新申请前，应当通过全国排污许可证管理信息平台公开单位基本信息、拟申请许云南省可事项，公开时间不得少于5日。审批部门组织技术机构对排污许大全可证申请材料进行技术评估的，技术评估期限不超过20日。
针对排污管理，《实施细则》提出，排污单位应当遵守排污许可证规定，建立环境管理制度，健全排污管理责经营范围任制，编制排污管理责任清单；应经营范围当建立环境管理制度，健全排污管理责任制，编制排污管理责任清单；应当建立环境管理台账记录制度，将环境管理台许可账大全记录纳入环境管理目标责任体系，台账记录保存期限不得少于5年；向大气、水体排放污染物的，应当按照规定建规范化的污染物排放口，并设置标识牌。
