要想回答这个问题，有必要了解一下医药行业大额虚开的原因。之所以在短短5天内爆出两个虚开大案，源于两个因素：一是医药行业的利润率高，二是存在商业贿赂行为。
药品生产企业向医生行贿至少会产生两个风险，一是行贿带来的犯罪风险；二是行贿支出无法抵扣成本多交增值税和企业所得税的风险。因此，药品生产企业一般不会亲自向医生行贿，这项高风险业务往往由医药代表或者代理商完成。 代理商在税收洼地设立的企业一般不查账征收，采用核定征收方式，也就是说，医药代理商不需要就其支出做账。因无会计账簿，相关部门对其支出难以监管，由此药企以各种名目向医药代理商支付高额费用，通过医药代理商套取现金，医药代理商将套取的部分现金回流到医药代表名下，通过医药代表向医生行贿，或者回流到药企老板私人账户，成为药企投资方的利润。由此可见，医药代表游走于药企、代理商与医疗机构之间，部分医药代表成了虚开增值税专用发票、商业贿赂的直接参与者。
出厂价较低的药品，经过多个医药代理商流转，达到医院时价格翻了几倍甚至几十倍。为了降低药价，国务院医改办会同国家卫生计生委等8部门联合下文，要求综合医改试点省（区、市）和公立医院改革试点城市的公立医疗机构率先推行药品采购“两票制”，即药品从药厂卖到一级经销商开一次发票，经销商卖到医院再开一次发票。以“两票”代替之前的七票、八票，以期降低虚高的药品价格，减轻患者用药负担。
实行两票制的地区，医药代理商不能再转卖药品，于是纷纷更换马甲，变成销售外包组织、咨询服务类公司，名义上在代药品生产企业进行销售、市场调查，药品宣传、学术推广等等活动。当然，销售、市场调查、药品宣传、学术推广都是药品生产企业要的服务项目，但问题是，一些药品生产企业支出的销售费、市场调查费、学术推广费、会议费等畸高，与实际做过的市场调查、开展的学术推广、举办的会议等并不匹配，导致药品的销售费用、成本等居高不下，两票制在某种程度上来讲并未实现大幅度降低药价的目标。
湖北省税务局发布的《关于开展医药咨询行业专项风险应对工作的通知》指出，自黄冈、孝感、咸宁等地登记注册的医药咨询企业达千余户，以“咨询管理服务”、“医药科技咨询公司”、“信息科技”名义出现，仅2018年1-5月开具的增值税专用发票达6766份，金额5.3亿元，税额1592.7万元。
为此，财政部于2019年出台《关于开展2019年度医药行业会计信息质量检查工作的通知》，对随机抽查的77家企业采取“穿透式”监管，延伸检查关联方企业和相关销售、代理、广告、咨询等机构，甚至延伸检查到医疗机构。重点关注：（一）费用的真实性，比如是否存在以咨询费、会议费、住宿费、交通费等各类发票套取大额现金的现象。是否存在通过专家咨询费、研发费、宣传费等方式向医护人员支付回扣的现象。（二）成本的真实性，是否存在通过空转发票等方式抬高采购成本的情况。（三）收入的真实性，是否利用高开增值税发票等方式虚增营业收入，是否将高开金额在扣除增值税后又以劳务费等形式支付给医院等机构，或者用于医院开发、系统维护、学术推广。（四）是否存在私设“小金库”现象。
即使各地税务机关、财政部门，甚至国家审计署都关注并打击药品生产企业与代理商、以及代理商与其他企业的虚开增值税专用发票行为，但屡禁不止，必竟全国还有部分城市不属于综合医改试点与公立医院改革试点城市。国家药监局再出重招，发布《医药代表备案管理办法（试行）》，于2020年12月1日正式实施，要求药企业必须与医药代表签订劳动合同或者授权，且医药代表必须备案后才能开展工作，并不得有下列情形：
（1）未经备案开展学术推广等活动；
（2）未经医疗机构同意开展学术推广等活动；
（3）承担药品销售任务，实施收款和处理购销票据等销售行为；
（4）参与统计医生个人开具的药品处方数量；
（5）对医疗机构内设部门和个人直接提供捐赠、资助、赞助；
（6）误导医生使用药品，夸大或者误导疗效，隐匿药品已知的不良反应信息或者隐瞒医生反馈的不良反应信息；
（7）其他干预或者影响临床合理用药的行为。
《医药代表备案管理办法（试行）》的正式实施，在医药行业引起很大震动。一方面意味着医药代表不能再销售药品，不能收款和处理购销票据。医药代表仅做学术信息传递，但在医疗机构进行学术推广等活动需要经过医疗机构同意，不能私下与医生或者科室从事学术推广事宜；另一方面，医药代表的带金销售行为将不再是医药代表的个人行为，因医药代表要么是药企签订劳动合同的员工，要么是经授权代表药企的委托代理人，其行为的后果都应该由药企承担，药企以后再难通过医药代表与某些违法行为撇清关系。根据医保发【2020】34号《国家医疗保障局关于建立医药价格和招采信用评价制度的指导意见》的规定，医药企业有涉税违法行为、在医药购销中进行商业贿赂，被法院判决有罪或者被行政处罚的，将列入医药价格和招采黑名单，将有可能被限制或中止相关药品或医用耗材挂网、限制或中止采购相关药品或医用耗材。
通过医药代表备案并禁止七类行为的做法， 虽然在一定程度上，代理商将套取现金交给医药代表的数量会有所减少，通过医药代表向医生行贿的行为也会减少，但不太可能大幅度降低医药行业的虚开增值税专用发票行为。原因是部分代理商化身为CSO（医药销售外包组织）等，CSO在销售药品的过程仍难免会有某些违法支出，药企仍然存在高利润、高税负问题，这些引发虚开的因素依然存在。
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